Багато квітучі оазиси зазнали повного розорення і запустіння. Катастрофа супроводжувалася повним занепадом господарства і культури.
Перед смертю в 1227 Чингісхан розділив свої величезні володіння між спадкоємцями. Хорезм був включений до складу улусу Джучі (пізніше - Золотої орди). Лише у другій половині 14 в. хорезмійських землі оговталися від нищівного розгрому, а в Ургенче знову з'явилися величні споруди. Решта території сучасного Узбекистану увійшла до улус Джагатая. Монгольські володарі, безперервно воювали між собою, призначали намісниками Мавераннахра мусульманських купців і змушували населення платити важкі податки. Повстання (Наприклад, під керівництвом Махмуда Тараба в Бухарі в 1238) жорстоко придушувалися. У 1251 коаліція ханів на чолі з правителем Золотої орди Батиєм вигнала нащадків Джагатая з Мавераннахра, але в 1260-х вони повернули свої володіння. В ході воєн в 1272 була зруйнована і на час майже зовсім обезлюділа Бухара. Деякі монгольські правителі, прагнучи знайти опору серед місцевого населення, а Кебек-хан (1318-1326) провів адміністративну та фінансову реформи. Але це викликало опір кочовий аристократії, і наступник Кебека Тармашірін (1326-1334) загинув. Мавераннахр по суті розпався на дрібні, суперничали один з одним володіння.
Об'єднувачем середньоазіатських територій виступив войовничий завойовник Тимур. У 1363 він заволодів Самаркандом, який перетворив на столицю величезної імперії, простягалася аж до Малої Азії. Серед спустошливих походів армій Тимура було 6 вторгнень в Хорезм. У 1388 Ургенч був захоплений і повністю зруйнований, а жителі його переселені в Мавераннахр. Але В«метрополіяВ» держави навколо Самарканда в період правління Тимура процвітала. За наказом правителя, до столиці переселялися кращі майстри, були споруджені численні мечеті і мавзолеї, які досі вважаються шедевром світової архітектури. Держава, створене Тимуром, виявилося нестійким і після його смерті в 1405 стало розсипатися.
Його синові Шахруха (1409-1447) вдалося зберегти Хорасан, Афганістан і Мавераннахр. Він переніс столицю в Герат, а правителем у Самарканді призначив свого сина Улугбека, видного вченого, викликав невдоволення в колах консервативного духовенства. У 1447 після смерті батька Улугбек став главою правлячої династії, але в 1449 був убитий своїм сином Абдуллатіфом (1449-1450). Наступні правителі Абусаід (1451-1469) і Султан-Ахмед (1469-1494) були ставлениками духовенства на чолі з головою ордена накшбенді шейхом Убайдулла Ахраров. У Хорасані (Гераті) правил Султан-Хуссейн (1469-1506), який протегував культурі. При його дворі візиром був видатний поет Алішер Навої. p> Узбецькі династії. У 1499 на територію Мавераннахра вторглися засирдарьінскіе кочівники, що називали себе узбеками. Очолював їх Мухаммед Шейбані-хан, нащадок Джучі, в 1500-1501 завоював Самарканд і заснував нову державу, включало Мавераннахр і Хорасан. У 1505 він підпорядкував Хорезм, в 1508-1509 воював з казахами, але в 1510 був розбитий під Мерва перськими військами, узятий ними в полон і страчений. Після цього Хорасан відійшов до Персії, а держава Шейбані-хана розпалася на Хорезм, або Хівинське ханство (з центром у Вазіра, Ургенче, потім у Хіві) і узбецьке держава в Мавераннахре зі столицею в Самарканді, а потім у Бухарі.
Ханство в Хорезме очолив в 1512 узбецький правитель Ільбарс. У 16 - першій половині 18 ст. в країні відбувалася часта зміна ханів, велися безперервні війни з Бухарою, узбецькими і туркменськими кочівниками. У 1740-1747 Хіва була завойована перським правителем Надир-шахом, потім знову здобула незалежність. У 1763 внутрішні чвари припинив вождь племені кунграт Інак Мухаммед-амін, захопив в свої руки фактичну владу в державі. Ільтузар (1804-1806) офіційно заснував нове, Кунгратскую династію ханів. Хан Мухаммед-Рахім (1806-1825) провів серію внутрішньополітичних реформ і зумів домогтися зміцнення держави, що розповсюдив свій контроль на сусідні Аральського й каракалпацькі володіння.
Державою Шейбанідов в Мавераннахре правил Кучкуні-хан (1510-1530). Шейбанідского хани постійно воювали з Персією за Хорасан. Країна розпалася на уділи, члени правлячого роду і вожді узбецьких племен отримали щедрі земельні пожертвування і вели запеклі міжусобиці. Деякої стабілізації домігся лише хан Абдулла II (1583-1598), але після його смерті і вбивства його сина династія Шейбанідов впала. У 1599 до влади прийшов узбецький рід Джанідов (Аштарханідов), ведший своє походження від брата Батия - Орду і астраханських ханів. За нової династії держава знову розпалася на ворогуючі між собою уділи. Хан Убайдулла (1602-1611) був повалений і убитий. Тимчасового успіху в централізації домігся Імамкулі-хан (1611-1642), який розгромив казахів і відвоював Ташкент. Проте потім держава знову послаб і піддалося спустошливим вторгненням з Хіви. У 18 в. країна переживала глибоку кризу. У 1740-1745 Бухару завоював Надир-шах, який передав її своєму союзнику Мухам...
