б заспокоїти мусульман, багато правителів вводили нові (або повертали минулі) обмеження для християн, покликані підкреслити їх нерівність з правовірними.
В епоху правління Фатимидов (969-1171) копти користувалися особливою прихильністю з боку перших халіфів цієї династії. Один з них, аль-Азіз, мав навіть зятів серед християнського духовенства, які користувалися у нього великою повагою. Пізніше аль-Азіз призначив своїм везіром християнина Ісу, який домігся від нього дозволу заново відбудувати церкви і монастирі і допомагати бідним одновірцям грошима. При ньому спалахнуло антихристиянське повстання, викликане підозрою в причетності християн до пожежі на каїрській верфі. При цьому було побито 160 християн, у відповідь за розпорядженням візира Іси 20 мусульман - призвідників заворушень були страчені.
При Фатимідському халіфі аль-Хакім (996-1021), отличавшемся болючою ексцентричністю, на християн і інших іновірців обрушилися суворі гоніння, пік яких припав на 1008-1015 рр.. Аль-Хакім відновив старі закон, що пропонує християнам носити певний одяг, а на шиї - важкі дерев'яні хрести. Були заборонені церковні свята і дзвоновий дзвін, з зовнішніх стін храмів були видерті зображення хрестів. При аль-Хакім була зруйнована велика частина церков і монастирів, в тому числі великий монастир аль-Касайір на горі Мукаттам під Каїром. Правда, вже при наступників аль-Хакіма терпимість щодо християн була відновлена, а деякі з фатимидских халіфів навіть брали участь у святкуванні християнських свят.
Важким для коптів був період правління мамлюків (1250-1517), в протягом якого християни неодноразово піддавалося репресіям. Їх пік припав на 1320 р., коли головні коптських церкви були розграбовані і зруйновані. В помсту копти спалили багато мечеті, палаци і житлові будинки мусульман.
Включення Єгипту до складу Османської держави на початку XVI ст. поліпшило становище коптів в порівнянні з епохою мамлюків. Проте, і при османах вони періодично ставали об'єктом переслідувань. Одним з таких періодів було правління васального османам мамлюкского бея Алі-бея аль-Кабіра (1760-1773), обклав християн та інших іновірців грабіжницькими поборами. Відомий випадок викрадення Алі-беєм чотирьох християнських священиків з метою отримання викупу.
При останніх мамлюкскіх беях, з правлінням яких покінчила експедиція Наполеона Бонапарта до Єгипту (1798 р.), положення коптів було нестабільним. У надії на допомогу з боку християнської держави копти підтримали французьке вторгнення (незважаючи на прагматичний промусульманскій курс Наполеона), однак після їх відходу з Єгипту в 1801 р. знову зазнали переслідувань за співпрацю з В«невірнимиВ» з боку повернулися на час до Єгипту мамлюків і османських військ.
З приходом до влади в 1805 р. реформатора Мухаммеда Алі, покінчив з претензіями мусульманського духовенства на роль згуртованої політичної сили, гоніння на коптів припиняються. Коптський нотаблей Муаллім Галі стає фі...