ісля смерті Хідейосі (1598), виявився Іеясу Токугава, який в 1603 р. проголосив себе сегуном і домігся підтвердження титулу у імператора. Після цього династія Токугава правила Японією протягом чверті тисячоліття.
Центром нового князівства стала невелика рибальське село Едо. Тут Токугава Іеясу і побудував свій новий замок (в якому нехай багато років переїхав з Кіото імператор).
У 1600 році Токугава разом зі своїми прихильниками розгромили в битві при Секігахара війська Хідеері, сина померлого двома роками раніше Тойотомі Хідейосі, і встановили військовий контроль над більшою частиною країни. Своєю резиденцією новий сегун обрав власний замок в Едо (іператорскій двір продовжував залишатися в Кіото). З цього моменту і веде відлік заключний період японського середньовіччя, відомий в історичній літературі як епоха Токугава або епоха Едо (1603 - 1868 рр..).
Епоха Токугава в історії інституту імператорської влади виявилася найскладнішою для вивчення, незважаючи на велику близькість до нас у часі у порівнянні, наприклад, з старовиною. Якоюсь мірою це обумовлено своєрідним становищем двору, коли повна його відстороненість від реальної політичної влада не означала втрати суспільної значимості. Навпаки, що зберігалося тривалий час особливо почесне, номінально саме привілейоване становище імператорського двору спричинило абсолютизацію його сакрально-символічної ролі. У період визрівання національної самосвідомості японців концепція «божественності і безперервності імператорської династії» (Бансей іккей) у різних інтерпретаціях стає центральною об'єднавчою ідеєю і переростає в прапор боротьби всіх сил, опозиційних по відношенню до сьогунату.
Згідно Я. Кінугаса, в японській науці утвердилися три точки зору на роль інституту імператорської влади в період Токугава. «Перша (найбільш поширена до другої світової війни) трактує цю проблему тенденційно, в дусі концепції» кокутай «, відводила імператору роль верховного правителя незалежно від історичних обставин. Друга точка зору - теорія »розподілу (чи поділу) політичної влади між сьогуном і імператором« (Сейкен Бунс) - виходить з офіційної концепції будинку Токугава о »препоручения імператором політичної влади" сьогуну (дайсейінін). Існує і третя оцінка, згідно з якою імператор формально мав лише релігійною владою, а фактично був зведений до рівня звичайного феодала, підпорядковувався влади реального правителя Японії - сьогуна, тому не грав ніякої ролі в політиці країни.
Останнім часом в Японії з'явилися дослідження, котрі долають недостатність будь-який з цих точок зору і фіксуючі увагу на релігійної та культурної ролі імператора на основі дослідження ідеології періоду Токугава, а також підкреслюють ритуальне значення тенно, спираючись на вивчення системи родовитости і порядків сільськогосподарської громади.
Токугава, подібно Нобунага Ода і Тойотомі Хідейосі, підтримували імператорський двір, використовуючи духовний авторитет імператора для легітимізації свого правління. Іеясу розпорядився про закріплення за імператорським двором фіксованого рисового пайка, точний розмір якого невідомий (джерела дають різні дані - від 10 тис. до 150 тис. коку на рік). Деякі дослідники пишуть про наявність невеликих земельних володінь у імператора або про надходження коштів для утримання двору з певних земель у володіннях Токугава.
