я (AppDNA). На заключному етапі, 5 »-AppDNA піддається нападу сусідньої 3'-гідрокси групи ДНК і утворюється фосфодіефірная зв'язок. ДНК-лігази згруповані у дві сім'ї, відповідно до їх вимог - АТФ або НАД + виступає в якості кофактора нуклеотидів в першій стадії реакції. ATФ-залежні лігази ДНК широко поширені у всіх трьох сферах життя, в той час як NAD +-залежні ДНК-лігази існують в основному в бактеріях. У деякі галофільних архей і еукаріотичних вірусів також є ряд НАД +-залежних ферментів.
На сьогоднішній день в геномі людини було виділено три гени (LIG1, LIG3 і LIG4), кодують АТФ-залежні ДНК-лігази і ДНК-лігази I (Lig I), кодованих LIG1, є реплікативного ферментом, який з'єднує фрагменти Окадзакі при реплікації ДНК. Перший ген, що кодує еукаріотичну АТФ-залежну ДНК-лігази був знайдений в термофільних Архе, Desulfolobus ambivalens . Наступні ідентифікації ДНК-лігази від архей організмів показали, що ці ферменти в якості кофактора в основному використовують АТФ. Проте, ця класифікація може бути не настільки суворою. Використання НАД +, а також АТФ, як кофактора спостерігалася в декількох ДНК-лігази, у тому числі з T. kodakarensis , Т. fumicolans, Р. abyssi , Thermococcus Sp. NA1, Т. acidophilum, Picrophilus torridus і Ferroplasma acidophilum, хоча АТФ, очевидно, краще у всіх випадках.
Подвійний кофактор специфічності (ATP / NAD +) є цікавою особливістю цих ферментів ДНК-лігази, і буде важливо досліджувати структурні основи для цього. Інший подвійний кофактор специфічності існує в архейних ДНК-лігази, які використовують ADP, а також АТФ, як виявлено в ферментах з А. Pernix і Staphylothermus marinus , і у випадку Sulfobococcus zilligii, ГТФ також є функціональним кофактором. ДНК-лігази з P. horikoshii і P. furiosus мають суворе перевагу АТФ.
Достатні біохімічні дані не вирішили питання про специфіку подвійного кофактора, і подальші біохімічні та структурні аналізи обов'язкові для проведення. Кристалічна структура P. furiosus ДНК-лігази була визначена, і було показано фізичне і функціональна взаємодія між ДНК-лігази і PCNA . Докладний режим взаємодії людини Lig I і PCNA кілька неясний, за кількох спірний звітів.
Стимулюючий ефект PCNA з P. Furiosus на ферментативну активність спорідненої ДНК-лігази спостерігався при високій концентрації солі, в яких ДНК-лігази самі по собі не можуть зв'язуватися з розірваним ДНК з субстрату. Цікаво, що PCNA-зв'язує область розташована в середині N-кінцевого ДНК-зв'язуючого домен (DBD) з ДНК лігази P. furiosus , і єднальний послідовністю QKSFF, яка пропонується в якості короткої версії PIP-боксу насправді пов'язана з поверхнею білка. Цікаво, що ця область розташована в середині ланцюга білка, замість N-або С-кінцевий області, де зазвичай розташован...
