ь вирівнювання зображень являє зчитування всіх доступних файлів з використанням сортування або колоризації в якості керівництва користувача.
Тим не менш, це подання руйнується, коли відбувається сотні і тисячі зчитувань карт в одному місці.
Користувачі потребують сумарних методах, які зчитують бази та особливість вирівнювання, для того, щоб отримати загальний огляд, а також інтерактивний доступ до основних востребуемих даними.
Крім того, сучасне збори NGS програм на основі графіків де Брейна виробляє зв'язування наборів генів зчитування інформації, яке може стати комплексом. Асемблювання графічних зображень у тому й числі інтерактивних зображень з'являється для тог, щоб забезпечити більш високий рівень візуалізації зібраної структури.
Частина можливостей асемблювання обробних програм забезпечення дозволяє миттєву інтеграцію та аналіз операцій з візуалізацією пошуку. Послідовність пошуку в результаті динамічної візуалізації вирівнювання являє єдиний подібний приклад. Крім того, ефективність роботи користувача може бути значно поліпшена шляхом надання рекомендацій, де шукати. Наприклад, користувач може перейти до наступної області В«низької якості узгодженості В», використовуючи навігаційне меню Consed замість того, щоб вручну визначати розташування. Досягнення такого роду інтеграції між візуальним і комп'ютерним аналізом буде мати важливе значення в зростаючій потреби аналізу даних.
Перегляд генів
Кінцевим продуктом секвенування геному, збірки і обробки циклів є високосмежние послідовності, в якому більшість наборів генів мають довжини, що на порядок більше, ніж при зчитуванні. Як може дослідник керувати цією послідовністю і виявляти цікавлять в ній області.
Послідовність містить довідкову систему координат і природну платформу, на якій збираються наукові анотації і геном відображається набором даних з різних джерел.
Геноми браузерів були спочатку розроблені для відображення даних на ранніх зборах проектів, таких як Елеганс геном і пізніше на інших модельних організмах (наприклад, в Університеті Каліфорнійському Санта Круз, UCSC геномної браузер, Асамблеї геномного браузера і NCBI карт зображень). Ці браузери мають багато функцій і їх основні відмінності були розглянуті в іншому місці. Сьогодні браузери стали стандартними інструментами для вивчення геномів, полегшують аналіз геномної інформації і забезпечують загальну платформу для досліджень, забезпечують зберігання і публікацію наукових відкриттів (таблиця +2).
Геномний браузер в двох словах
Загалом, геномні браузери відображають дані і біологічні анотації з багатьох джерел, в їх геномном контексті, в рамках графічного інтерфейсу. Ці інструменти підтримують різні типи даних, включаючи експресію генів, варіації генотипів, міжвидові порівняння і багато іншого.
Анотації функціонально важливих областей, таких як розташування генів, в регіонах з транскрипционной активністю і регуляторних елементів, або випливають з експериментальних результатів (наприклад, інтерпретація послідовностей) Java Script або моделювання (наприклад, прогнозування генної моделі). І дані та анотації організовані з В«треківВ», які можуть бути попередньо завантажені в геном браузера або завантажені на вимогу.
Дослідники часто хочуть вивчати особливості регіонів, які їх цікавлять, а всі нинішні браузери геномів дозволяють користувачеві вибирати конкретні місця для показу геному.
Більшість інструментів забезпечують можливість для пошуку послідовностей і для конкретної геномної анотації, (такий як генні імена), які знаходяться в основі бази даних.
Багато геномні браузери також дозволяють здійснювати складні запити даних і вибирати інструменти для доступу до анотацій списку для конкретної області або цілого геному. Наприклад, Galaxy, послуга, спеціально призначена для взаємодії з геномом браузера і полегшення обробки даних і аналізу. Часткою гідності геномних браузерів, є те, що вони є налаштованим. Наприклад, користувач може прийняти рішення про резолюцію, на якій інформація відображається (наприклад, вікна з декількох сотень пар основ порівняно з десятками тисяч) і масштабування і паномірованіе за своїм бажанням. Дані методи можна вільно розташувати в певному порядку і організовувати, щоб полегшити їх зіставлення.
У більшості випадків, користувачі також можуть вибирати між країнами і налаштовувати кілька режимів відображення, щоб вивчити той же результат даних. Наприклад, незмінність важливих даних, таких як відображення, у вигляді карти або гістограми, які можуть бути завантажені як модель (зразок). Популярність браузера УСК геному випливає з його гнучкості у відображенні представлених користувачами даних і його швидкому часу відгуку. Проте, відображення вимагає дій і порівняльної оцінки користувача. Наприклад, повинен інтерпретувати колоколізацію гистона Н3 ацетилювання (Н3ас) з Usf1 зв'язування...
