м транскрипційних факторів, як і біологічно значущих, так і експериментальних артефактів.
Нове покоління геномних браузерів
Нові та більш високі пропускні здатності геномних технологій, у тому числі NGS, дозволили дослідникам створювати безпрецедентний обсяг даних.
Міжнародний консорціум - Наприклад, енциклопедія ДНК елементів (кодування), програма 37, програма 38, Атлас ракових генів, 1000 Генна і постгенная колійна проектна карта, кожна буде створювати тисячі наборів геномних даних.
Навіть порівняно невелика група дослідників, тепер мають можливість отримати великі обсяги даних геному протягом короткого періоду часу. З'являється нове покоління геномних браузерів і відповідних баз даних здатне ефективно управляти і поширювати цей обсяг даних. Традиційні веб браузери використовують централізовану модель генома, згідно з якою дані і зв'язок знаходяться на стороні сервера. Інформаційні потоки йдуть від провайдера в геном серверного браузера, що забезпечує необхідне зображення і передає його кінцевому користувачеві.
Коли розмір даних зростає до критичної точки, істотними труднощами стають витрати сервера і підключення до інтернету і це, зрештою порушує безперешкодний геномної перегляд.
Децентралізація даних, зв'язку або поєднання їх може полегшити таке навантаження на сервер. Наприклад, JBrowse використовує асинхронний Java Script і XML (AJAX) для розподілу роботи між сервером і клієнтом, і несе значно менші втрати сервера, а також замінює традиційні статистичні навантаження зображень з безперешкодним анимирования геномної навігації і виборів методів. Annoj40 (анотація з Java Script) надається аналогічної безперешкодної Web 2.0 навігацією, однак з боку клієнта вона виконує надання послуги В«полотноВ» MTML елементів, які підтримують тільки деякі веб браузер. Деякі інші програми використовують технології, на підтримку Google Maps API, які передають час відгуку на бік сервера і створюють ефект руйнування рівномірності коли навігація локалізована всередині генома.
Інші підходи використання UCSC геномного браузера погіршують удосконалення звичних функціональних підходів по відношенню до розвиваються Big Bed і Big Wig з їх можливостями розташовувати дуже великий обсяг даних (сотні мегабайтів до гігабайтів інформації).
Такі великі обсяги даних форматуються і зберігаються локально на комп'ютері клієнта. Замість того, щоб зберігати весь набір даних в базі браузера, браузер отримує лише приблизну частина даних необхідну для розташування хромосом у гені. Крім підвищення ефективності локально збережених даних також є явне перевагу, пов'язану з мірою необхідності для захисту особистих даних, таких як окремі людські сфери діяльності.
Токійський університет геному браузера UTGB, спеціально призначений для перегляду локально збережених даних індивідуальним чином.
Є також кілька автономних інструментів зокрема два Java - основні пакети, Aff ymetrix Комплексний геномної браузер (IGB, повідомляє ig-bee) і Інтерактивне геномної зображення (IGV), розроблене в інституті Брода.
До доповнення до експериментальними даними, пов'язаних з геномної послідовністю, інші типи даних, такі як клінічна інформація, пов'язана із зразками, найчастіше має вирішальне значення в інтерпретації даних геномів. Деякі нещодавно розроблені геномні браузери, призначені для забезпечення платформи для інтеграції великих обсягів даних геномів, особливо ракової геномної інформації. Вони включені в YCSC, Раковий геномної браузер, IGV і молекулярний аналіз раку, розроблений в Порталі амер. Національного Інституту раку. Основним нововведенням цих нових інструментів є одночасне відображення даних генів і клінічної інформації.
Ці браузери відображають розташування цілого геному, зображуючи експериментальне вимірювання для окремих зразків і наборів зразків у вигляді гарячих карт.
Клінічні ознаки показуют цілу геномну інформацію в окремій теплової карті.
Отже, з'являється можливість взаємодіяти з браузером, розташовувати в певному порядку, фільтрувати агрегати і відображення даних у відповідності з клінічними ознаками, анотувати біологічним шляхом або редагувати користувачем колекцію генів.
Статистичний аналіз може бути застосований до певних наборів даних і графіками в браузері.
УСК геномної браузер раку використовує зображення теплових карт, на яких х-осі координат і геномні осі у необхідні для стека великих геномів, де кожен рядок надає дані зразка. Цей дисплей дозволяє легко визначати закономірності всієї вибірки. Наприклад, користувач може точно визначити, де область хромосоми по місцю розташування PTEN, видаляючи їх періодично, за наявними в наявності зразкам пухлин головного мозку. Нижче теплові карти геному можна переглянути сумарно і ті дані, де очевидно є характерні зміни кількості видимих ​​копій.
Клінічні теплові карти дозволяють дослідникам в...
