ізуально вивчити взаємозв'язок між геномним вимірюванням і окремими клінічними ознаками, наявними в розпорядженні користувачів на основі їх рівня доступу до даних. Перебудова вертикальної (Клінічної проби) необхідна як в клінічних так і в геномних теплових картах, і може бути виконана одночасної сортуванням на основі чисельно закодованих клінічних функцій або сукупності ознак.
Наприклад, коли гліобластомние дані відсортовані на пухлини порівняння, то існує очевидна різниця між генами, що містять ці два типи зразка і В«нормальними зразками В», що відображають-яке велике порушення, яке характеризується великою кількістю копій пухлин.
Обмеження візуалізації послідовності даних в основі координат взаємодія між двома місцеположеннями геному. Крім того, глобластние тенденції в геномах краще оцінювати в контексті можливостей, яких нема на геномної карті.
Одним з останніх прикладів є УСКА Геномний браузер раку, в якому геномні дані відображаються в контексті біологічного напрямку.
Організовуються розміщення даних у наборі генів у відповідності з індивідуальними напрямками у відмінності від місця розташування хромосом, користувачі можуть отримувати більш надійну і біологічно значиму інформацію про геномних даних через гени, які можуть діяти узгоджено.
Андерс і його колеги забезпечили інший підхід, в якому геномні дані організовані по кривій Гільберта, що забезпечує глобальний огляд. У майбутньому, існує величезний потенціал в освоєнні нових способів кращого орієнтування геномних пейзажів.
Проблеми
Деякі ключові проблеми в області генного аналізу даних, з'явилися в останні роки, в тому числі і питання: обсяги даних, тип даних і представлення даних. Кілька нових геномних браузерів, які були, згадані вище, вирішують деякі з цих питань, однак узгодженості поки недостигнуто. Крім того, важливо те, що нові геномні браузери побудовані за допомогою успішних інструментів, включаючи легкий доступ крос платформних даних і відображення настройки і можливості виконувати миттєві обчислення та візуалізацію.
Геномні Браузери починають взаємодіяти з конфіденційною інформацією, тому що суспільство усвідомлює проблеми захисту даних. Особиста інформація, закодована в геномном ДНК, клінічні параметри, а також інша інформація особистого характеру вимагає ретельного захисту.
геномної оглядачем можуть скористатися багато системи безпеки, розроблені для електронної інформації з метою забезпечення доступу тільки для авторизованих дослідників.
Крім того, ці кошти здатні максимізувати службові програми, забезпечуючи конфіденційність даних, представляючи в їх анонімній формі, наприклад, у вигляді сукупності або сумарності, не допускаючи при цьому отримання особистої інформації від таких агрегатів.
Порівняння геномів
Останнє наявність великого числа повністю секвенувати геномів їх асамблея стимулювала активні дослідження в області порівняльної геноміки. Це включає розробку алгоритмів і засобів для парного і множинного вирівнювання дуже довгих геномних проміжків і повних геномів. Серед цілей цієї роботи були виявлені такі функціональні елементи, 1) такі як екзони або посилюють агенти 2) дослідження великомасштабних перебудов і еволюції індивідуальних геномів і їх посилань у ході асемблювання і завершення. Візуалізація узгоджених даних є критично важливою для кожної з цих цілей, але є складним завданням через графічних труднощів виявлення взаємозв'язку цікавлять хромосом у різних ген Омасі на багаторазово повторюваних шкалах. У цьому розділі ми розглянемо різні методи, які будуть розроблені для того, щоб допомогти дослідникам в напрямку послідовностей між двома і більше геномами.
Розрахунок геномного вирівнювання та сінтеніі
Існують різні методи для парних і множинних генних вирівнювань, наприклад, BLASTZ50, MULTIZ51, Shuffle - LAGAN52 В«МеркаторВ» і MAID53, Mauve і кілька симетричних вирівнювань. Всі ці методи об'єднані загальним принципом знаходженням найбільш близьких геномних інтервалів (Якорів), розширення цих регіонів, ланцюжків угруповань, які межують між собою і аналіз реконструкцій.
Після вирівнювання наступний крок полягає в тому, щоб знайти збережені сигнали, які можуть вказувати на потенційно функціональні області. Методи розрахунку коротких сигналів збережені в області простого вікна схожого на PipMaker і Vista, філогенетично приховують моделі Маркова Phastcons57, 58 і інші статистичні моделі Gamby59. Розрахунок зберігаються сінтеній, означає збереження хромосом, які розташовані в декількох генах, засновані на аналізі ДНК або на вирівнюванні або двунаправленном порівнянні ортологічних генів з інтервалом в 2 гена. Еволюційне значення сінтеніі випливає з припущення, що точний порядок генів у хромосомі йде від загального предка.
Візуалізація вирівнювання необхідна для розробки способів вирішення різних аналітичних зав...
