більш важливих політичних питань, як питання про війну і мир, про духовному заповіті князя, про устрій долі окремих членів сім'ї тощо, в боярських нарадах зазвичай брали участь і представники вищого духовенства. Ця система центрального управління існувала і при дворі московських великих князів. Але вже з середини XV в., У міру завершення політичного об'єднання руських земель навколо Москви і посилення великокнязівської влади, ця система управління зазнає ряд змін. Реорганізація Боярської думи, її перетворення в постійний верховний рада при великому князі зі строго певним (призначеним великим князем) складом та функціями. При Івана III правом участі в ній тепер користуються лише ті представники земельної аристократії, які «скаржилися» великим князем в «думні чини». Першим думним чином стало звання «боярина». Бути присутнім в думі міг окольничий, звання, яке потім було звернено в чин. При Івана III право суду і управління належало боярам і окольничим. При Івана III всі найважливіші акти державної діяльності відбувалися за угодою з боярами: одруження на Софії Палеолог Іоанн III зробив так: «Подумавши про се з митрополитом, мати його і бояри ... послав до папи». Другим думним чином - звання «окольничого». Розширюється і чисельний склад Боярської думи. Так, в 1497 р. до складу Боярської думи Івана III значиться 21 боярин.
При Василя III в Боярську думу входять вже і найбільш великі дяки, звичайно іменовані в джерелах того часу «великими» або «введеними» дяками (по пізнішій термінології «думні дяки»), а також «діти боярські , які в думі живуть »(в джерелах XVI в. іменуються як« дворяни, які в думі у государя з боярами »або просто« думні дворяни »). Вони були введені до складу Думи за рішенням Івана Грозного в середині 16 століття. Думні дяки вели діловодство Боярської думи. «Думські чини представляли собою різні генеалогічні шари служивого класу, сформованого в XV - XVI ст.». Думнілюди призначалися царем. Ця процедура обставлялася великою урочистістю і приурочивалась до свят: новому році (на Русі святкувався 1 вересня), Великдень, царський день народження і т.д. Однак призначення в Боярську думу, так само як на всі найважливіші адміністративні та військові пости здійснювалося відповідно до місницькими традиціями. Оплотом місницьких звичаїв була Боярська дума. «Ідея місництва, суворо консервативна і аристократична». Місництво мало оборонний характер. Їм служива знати захищалася як від сваволі зверху, з боку государя, так і від випадковостей і підступів знизу, з боку окремих честолюбних осіб, які прагнули піднятися вище своєї батьківщини - спадкового полож?? Ня.
З середини XVI в. з Боярської думи виділилася так звана «кімната», «ближня дума» - більш вузький склад вірних царю людей, з якими він вирішував важливі справи. З думками, що вселяються цієї «ближній думою», цар виступав на засіданнях Боярської думи.
У 1547-1560 роках, в правління Івана Грозного, діяв неофіційний рада у складі помісного дворянина царського «ложничего» А. Адашева, священика Благовіщенського собору А. Сильвестра, князя Д. Курлятева, князя А. Курбського та інших осіб. За допомогою цієї «вибраних ради», як згодом називав її Курбський, Іван Грозний провів ряд найважливіших реформ (судову, військову, земську та інші), визначив основний напрям зовнішньої політики і на деякий час відтіснив Боярську думу від вирішення найважливіших питань законодавства і управління.
