осно здорової людини в звичайних умовах ротоглотка колонізована найчастіше Streptococcus pneumoniae, у той час як нижні відділи респіраторного тракту залишаються стерильними завдяки ряду захисних механізмів організму і дихальної системи (кашльовий рефлекс, мукоциліарний кліренс, антибактеріальна активність макрофагів, секреторний імуноглобулін). При порушенні систем захисту (наприклад, при вірусній інфекції, що вражає дихальну систему або при масивному розмноженні Streptococcus pneumoniae) відбувається інфікування нижніх відділів респіраторного тракту.;
вдихання аерозолю, що містить мікроорганізми. Зустрічається значно рідше і в основному цей механізм інфікування відіграє важливу роль при зараженні такими атиповими збудниками як Legionella spp. і C. pneumoniae;
гематогенне поширення мікроорганізмів з позалегеневого вогнища інфекції (ендокардит трикуспідального клапана, септичний тромбофлебіт вен таза);
