Петро Аркадійович брав участь також у розробці документів щодо політичної реформи. Він запропонував безстановий систему місцевого управління, за якою вибори в земстві повинні були проводитися не по становим Курияма, а з майнових, причому майновий ценз мав бути знижений у десять разів. Це значно розширило б число виборців, за рахунок заможних селян. Столипін планував на чолі повіту ставити не предводителя дворянства, а урядового чиновника. Запропонована ним реформа органів місцевого самоврядування викликала різку критику урядового курсу з боку дворян.
У розробці національної політики Столипін не показав належної гнучкості та делікатності, дотримуючись принципу «Не утискання, що не гноблення неросійських народностей, а помагали прав корінного російського населення», який на ділі часто опинявся пріоритетом інтересів російських незалежно від місця їх проживання. Столипіним був запропонований законопроект про введення земств у шести західних губерніях (Мінської, Вітебської, Могилевської, Київської, Волинської, Подільської), відповідно до якого земства повинні були стати національно-російськими допомогою виборів через національні курії.
Характерна політична лінія Столипіна щодо Фінляндії, автономія якої була ущемлена. Виникла ситуація, пов'язана з необхідністю розмежування законодавчих повноважень центру і регіону через розбіжності між фінляндськими і загальноросійськими законами. Петро Аркадійович наполіг на приматі загальноросійських законів, в той час як на сеймі в Борго в 1809 р. Олександром I було даровано автономне становище Великому князівству Фінляндському.
Слід зазначити, що Столипін ніколи не допускав висловлювань, принижує і ображає національні почуття малих народів. За своїм глибоким переконанням він був російським патріотом, він розумів необхідність розвитку національної самосвідомості, гідності, згуртування нації. Вельми цікава і думка Петра Аркадійовича про те, що «народи забувають іноді про свої національні завданнях; але такі народи гинуть, вони перетворюються в назем, в добриво, на якому виростають і міцніють інші, більш сильні народи ». Однак проведена ним політика аж ніяк не сприяла вирішенню національного питання.
Останні в його житті проекти реформ були пов'язані зі зміцненням фінансів за рахунок збільшення прямих і особливо непрямих податків, підвищення акцизу на спиртні напої, введення прогресивного податку та податку з обороту. Вперше Столипін поставив питання про реформування промисловості - іноземні позики передбачалося використовувати тільки на дослідження надр землі, будівництво залізниць і особливо доріг з твердим покриттям. Передбачалося створення семи нових міністерств.
Політичний курс, намічений Столипіним, викликав різку критику на його адресу з боку як лівих, так і правих політичних сил. Цікаво, що сучасники його політичне кредо намагалися висловити в таких взаємовиключних оцінках, як «консервативний ліберал» і «ліберальний консерватор». У 1908 р. в засобах масової інформації почалася різка критика голови Ради Міністрів. Консерватори звинувачували його в нерішучості і бездіяльності, ліберали навішували на нього ярлик «всеросійського губернатора», звинувачували в «диктаторських смаках і звичках», соціалістичні партії виступили з різкою критикою внутрішньої політики, називали його «обер-вішателем», «погромником» ;.
Різко погіршилися в цей час відносини Столипіна з царем. Багато істориків вважають, що Микола II побо...