ювався узурпації влади прем'єр-міністром. Дійсно, Петро Аркадійович дозволяв собі мати власну думку навіть у тих випадках, коли воно розходилося з позицією царя. Він міг висловлювати безсторонні зауваження Миколі II, наприклад, про те, що не можна допускати піднесення ролі Г. Распутіна при дворі. Палацові сановники плели інтриги за спиною Столипіна, сварили його з імператрицею, яка вважала, що цар опинився в тіні діяльного прем'єра. Коли Олександрі Федорівні донесли, що на обіді у дружини Столипіна офіцери були при зброї, що було прийнято тільки за царським столом, вона сказала: «Що ж, були досі дві цариці, тепер будуть три».
У березні 1911 Столипін подав прохання про відставку у зв'язку з тим, що Державна рада остаточно відхилив законопроекти про західних змістових. Цар після недовгого роздуму відставку не прийняв і пішов назустріч вимогам свого прем'єра, проте всім стало ясно, що на політичній кар'єрі Столипіна поставлений хрест.
1 вересня 1911, під час перебування царської сім'ї в Києві, в будівлі місцевої опери Столипін був смертельно поранений. Замах здійснив Дмитро Богров, син місцевого власника багатоповерхового будинку. Єдиної думки про мотиви злочину Богрова до цих пір немає. Деякі дослідники вважають, що вбивство Столипіна - справа рук охранки, можливо, почате і не без відома царя; інші - що, діючи за завданням партії есерів, Богров зумів обдурити керівництво охранки і з рук начальника охоронного відділення Кулябки отримати запрошення майже у всі місця, де перебували царська подружжя і Столипін; треті, - що у Богрова були на то чисто особисті причини. У всякому разі, партія есерів заявила про свою непричетність до цієї акції.
5 вересня 1911 Столипін помер. Похований він був у Києво-Печерській лаврі, оскільки свого часу заповів поховати його там, де його наздожене смерть.
Кончина Столипіна викликала масу відгуків в російській і зарубіжній пресі. Закордонна ліва преса сприйняла цей факт із задоволенням. Так, в газеті Незалежної робочої партії Англії зазначалося: «Столипін звернув Думу на фарс і шахрайську витівку. Він, саме він, кинув тисячі людей в заражені в'язниці і послав тисячі на шибеницю ». «Він не може вернутись - і, звичайно, багато тисяч російських благоговійно подякують за це панове». Друкований орган Французької соціалістичної партії заявляв: «Смерть Столипіна заслужена. Перед цією могилою людство може лише зітхнути з полегшенням ».
У цілому ж збереглися дуже суперечливі оцінки як самої особистості Столипіна, так і його діяльності. С. Ю. Вітте, який прискіпливо стежив за політичною кар'єрою свого наступника, зазначав, що Петро Аркадійович «була людина з великим темпераментом, людиною хоробрим», але звинувачував його у відсутності державної культури, неврівноваженості, зайвому вплив на його політичну діяльність дружини Ольги Борисівни, використанні службового становища для протекції родичам. У цьому є частка істини, оскільки міністром закордонних справ був Сазонов, одружений на сестрі дружини Столипіна. Молодший офіцер імператорської яхти Бок, одружившись на дочці Столипіна, негайно отримав посаду морського агента в Берліні.
Вітте звинувачував Столипіна в запозиченні у нього, Сергія Юлійовича, ідеї про вихід селян з общини, але підкреслював різницю у методах здійснення цієї ідеї. Оцінюючи Указ від 9 листопада 1906 р., він писав: «Я відчуваю, що закон цей послужить однією з причин пролиття невинної крові. Був би щасливий, як...