Іоанн Казимир, дозволивши безмитно сплавляти рікою до Пруссії ліс протягом 4-х років. Були відновлені 3 двотижневі ярмарки: Богоявленська, успенська і Воздвиженська, на яких іноземцям було дозволено укладати угоди тільки з місцевими купцями.
У 1701 р. Ковно знову торкнулася війна. 24 грудня шведські війська увійшли в місто і пробули тут на цей раз 12 тижнів. Додатково до всіх неприємностей, в губернії знову лютувала жорстока епідемія. Місту знову потрібна була допомога, і з 1717 р. він знову звільнений від податків, а король Август II допоміг виплатити борги. Але в 1731 р. в місті почався страшний пожежа, спустошують все на своєму шляху, котрий залишав після себе лише попіл. Купці, дивлячись на місто, в якому залишилося кілька будинків да лютеранська церква, роз'їхалися по домівках у свої заморські країни. Бачачи сумний результат міста, завзяті німецькі купці відвели всю торгівлю до Кенігсберга.
Російські війська, що рухалися під начальством Апраксина і Фермора до Пруссії, в 1750 р. забрели в місто спустошене. Воїни розібрали десятки напівзруйнованих будинків і побудували з них печі для хліба. Ці руїни і пустирі нікого більше не цікавили, крім євреїв, які скуповували тут землі. Довго це не могло тривати. Вже у 1753 р. королівським декретом подальші операції такого роду були припинені.
Проявив турботу про місто Ковно Станіслав-Август, затвердивши в 1766 р. всі права, перш даровані місту. Але, на жаль, люди не збиралися повертатися. Тільки через 17 років мирне становище в цих краях зуміло залучити сюди жителів. Стали підніматися з руїн будинку, склади наповнювалися товаром і відродився ринок. Поступово стала налагоджуватися життя городян, з'явилися школи. У 1771 р. король асигнував 40 000 злотих на лагодження парафіяльного костелу.
Після розділу польської держави і приєднання Ковно до Росії, по трактату від 24 жовтня 1795 р., економічне становище міста було відтягнути до сусідній державі, і велелюддя Ковенський базарів зникло. У 1800 р. - знову пожежа, в якій згоріла третина міста і парафіяльний костел. У 1811 р. місто наздогнала страшна посуха, люди переправлялися через річки вбрід, суду зупинялися, ліси горіли, худобу гинув, рослинність засохла.
Не минуло й року після жахливої ??спеки, як в Ковно 11 (23) червня 1812 з'явилися непрохані гості. Головні сили французького імператора Наполеона в складі корпусів Даву, Удино, Нея та іншої гвардією чисельністю 220 000 чоловік наблизилися до Ковно з лівого боку Німану. Були зроблені 3 мости з 75 понтонів з відстанню між ними в 277 метрів. Цілий день війська переправлялися через річку між містечками Панемуне і Алексотас, а до вечора 12 червня по мосту перейшли головні сили, і Наполеон переніс свою квартиру в Ковно. Наступного дня війська стрункими рядами рушили далі.
Французи пішли для того, щоб повернутися знову. Вже 30 листопада безславні, розбиті, голодні й холодні солдати були в Ковно. Замерзлі солдати грабували магазини, кидалися в льоху за горілкою, витягали на вулиці бочки з вином і напивалися до напівсмерті. У таких умовах генерал Ней готувався до оборони. 2 грудня нагрянув отаман Донського козачого війська граф Платонов і наказав відкрити із знарядь вогонь по Ковно. Французи, здивовані тим, що по них ще стріляють, змушені були нестрункими натовпами в кількості приблизно 70000 чоловік бігти далі.
