дань. Графічне уявлення про сінтеніі на рівні всього генома має вирішальне значення для вивчення еволюції геному. Крім того, важливим є можливість В«РозгорнутиВ» для глобального уявлення про сінтеніі і для вивчення конкретних областей збережених генів у контексті анотації. У добавок, збори геномів і анотація їх моделі може бути представлена ​​шляхом порівняння становища невідомого гена і його гомологічної послідовності з одного організму в інший, який має готові або добре анотовані послідовності геному.
Нижче ми опишемо методи візуалізації, які використовуються для відображення сінтеніі на мікро і макро рівнях (таб.3).
Візуалізація геномного вирівнювання
Широкі спектри стратегії були вивчені для графічного сінтеніі на рівні цілого геному. Двовимірні точкові графіки, які традиційно використовуються при аналізі локального вирівнювання, побачили сучасне відродження в якості потужного способу візуалізації більш доступного геномного вирівнювання (DaGChainer, Vista-Dot MUMmer62, Genome Matcher та інші).
Геноми цих двох організмів представлені по осях х і у графіка, із зазначенням ліній сітки хромосомних кордонів. Точки на графіку вказують на деяку ступінь вирівнювання, утворюючи 45 градусні лінії на окремому місці.
Геном реконструкції та дублювання відразу впізнає їх як, відповідно поза діагоналі і ідентифікує лінії як горизонтально так і вертикально складені. Dag-первое загальнодоступне засіб для створення графіків, розраховує сінтеніі на основі мета-вирівнюванні генів у родинних BLAST поєднаннях між двома організмами.
Vista - діаграми запропонували точковий графічний режим для перегляду сінтеніі на основі геномного ДНК вирівнювання (Доп.ріс.1). Ці кошти мають інтерактивні карти типу Google інтерфейсу, що дозволяють користувачам масштабувати і паноміровать в межах областей, а також на посилання з відповідного сегмента для перегляду в Vista або в геномном JGI браузері.
Точкові графіки є корисними не тільки при аналізі сінтеніі між готовими геномами, а й геномної обробки. Наприклад, OSLAY засіб, який автоматизує все більш поширені методи використання точкових графіків і призводить колекцію наборів генів з незавершеного асемблювання з еталонною складанням, і тим самим карту цілого геному.
Глобальне збереження може бути визуализировано і представлено посиланням геному з використанням таблеткової форми ідеограм хромосом і стрічкових для позначення областей наведених у відповідності, з яким або геном. Групи мають колірну маркування для позначення хромосом у відповідності з геном, з яким вони порівнюються.
Ідеограма представлених геномів вирівнювання є самим кращим вибором для індивідуального генерування даних у публікаціях нової послідовності геномів.
Три варіанти є доступними для автоматичної генерації варіантів цієї візуалізації для певних користувачів геномної інформації: Cinteny, Apollo, В«Градієнт зображенняВ» Сибіла використовує інноваційні візуалізації, у яких гени відображаються за кольором по геномним посиланнях, ці кольори використовуються для позначення гомологічних місць в наборі уніфікованих геномів.
VISTA сінтеніі зображення (доп.ріс.2) використовують основну ідеограму, яка описує вирівнювання родинних геному в якості направляючого кошти відбору хромосом в організмі, в посиланнях розглянуто більш детально. У порівнянні з точковими графіками подання сінтеніі за допомогою діаграми сприяє втраті інформації про місцезнаходження уніфікованих областей для порівняння геномів. Тим не менше, використання квітів у цих діаграмах сприяє можливості з легкістю представляти собі, геном і порівнювати його з іншими.
Крім того, кольорові сегменти в інформаційно-довідковому геномі можуть бути пов'язані з якимись конкретними положеннями хромосом і лінії малюються більш дрібні в порівнянні з хромосомними символами в організмах. Цей підхід використовується в В«ApolloВ», а також у PhiGs веб сайті, який дозволяє користувачам створювати сінтеніі карт з 45 послідовностей грибів та багатоклітинних.
Альтернативний естетичний підхід до геномних зображеннях представив Circos. Засоби, представляють із себе Circos, дві або більше геномні дуги на одному колі. Лінії, які перетинають центр кола, пов'язують і вирівнюють відповідні області.
У цьому циркулярі систематизовані і зменшені візуальні плутанини, які випливають з еквівалентних лінійних уявлень, в яких павутини з'єднують віддалені області в безлічі геномів.
Цей інструмент також підтримує анімацію вирівнювання зв'язків між окремими геномами, а хромосоми можуть бути переглянуті в послідовності і надалі плутанини скорочуються.
Циркуляційне геномних зображення також доступно у MEDEA і в Miz Bce.
Точкові графіки, ідеограми і циркулярні зображення представляють собою оперативне мистецтво (Стратегію) для візуального зображення і забезпечують схоронність геномних шкал. Інструменти для реалізац...
