ії цих зображень можуть бути використані для виявлення областей сінтеніі, дублювання і переміщення між геномами. Після виявлення таких областей дослідникам необхідні кошти, щоб переглянути їх на більш високому рівні дозволу для візуальної асоціації з анотаціями даних.
Візуалізація геномної захисту
Найбільш простим способом візуально зв'язуватися з анотацією збережених даних буде подання вирівнювання геномів і порівняння їх як В«треківВ» в УСК браузері і браузері VISTA (рис.3). p> В обох випадках попарне або множинне вирівнювання представлено у вигляді двомірного графіка, в якому по осі х вказується положення уздовж представленого геному, а по осі у представлено і збережено множинне вирівнювання цього геному.
того ж, UCSC браузер має сліди В«ланцюжка вирівнюванняВ» показані як різні відтінки сірого.
У разі слідів VISTA, такі функції як збереження екзонів, UTRS і некодуючі області позначені кольором, що перебував під кривими.
VISTA треки можуть бути експортовані для перегляду в рамках відповідних організмів посилаючись на інші геномні браузери, такі як JGI геномної браузер і УСК геномної браузер.
Вирівнювання треків надає цінні засоби для швидкої ідентифікації та збереження при перегляді окремих геномів. Тим не менш, це збереження зображення не дозволяє дослідникам використовувати функції у двох напрямках: переглядати і порівнювати вирівнювання одночасно.
З цієї причини багато інструменти були розроблені з можливою візуалізацією локальних сінтеній (Таб.3). Як правило, ці інструменти використовують загальну стратегію, що зображає множинну ланцюжок і порівняння місця розташування одного або більше геному малюючи при цьому лінії між ними, щоб вказати сінтеніі (зображують пов'язані сліди).
Функції треків з зазначеної анотацією геномної моделі і визначив послідовності тега, які можуть бути накладені вище або нижче відповідних регіонів, аналогічно тому, який використовується геномним браузером.
Це подання дозволяє візуально переглядати вирівнювання, зберігаючи при цьому в контексті геномної анотації, яка описує зміст досліджених областей, посилання підключень в збережених областях можуть бути зроблені на основі геномних вирівнювань ортологічних генів, кластерних білків або навіть модельної структури GMOD Загальні Модельні організми Даного проекту. У тому числі популярні геномні браузери GBrowse є, мабуть, найбільш широко використовуваної основою для програмного забезпечення для підтримки геномного аналізу та зберігання.
Три сінтеніі веб оглядачів були розроблені в рамках GMOD: Syn Browse і GBrowse Syn, а розширення сімейства інструментів з GBrowse дозволяє користувачам переключаться між трьома режимами відображення з збереженням зв'язку між регіонами.
У режимі В«сінтеніі блоків В», області пов'язані відповідно із заданими користувачем визначеннями сінтеніі (певна кількість колінеарних генів впродовж певного мінімального відстані).
У режимі В«кодування генів В»іВ« кодування екзонів В», білкове вирівнювання відображається у вигляді лінійної угруповання генів і екзонів, і відповідно через посилання порівнюються сегменти. Характерною особливістю вирівнювання є індикація за кольором кожній лінії.
Різні уявлення, які використовують для візуалізації сінтеніі на шкалах, в якості ланцюгів вирівнювання генома із збереженням ітронно-екзонах структури в області геномної послідовності.
Основною проблемою в майбутньому розвитку цих коштів полягає в тому, щоб надати кошти для дослідника забезпечення можливості переміщення через ці рівні безпрепятствій.
На щастя, все більшого ускладнення веб-технологій забезпечує ще більшу інтерактивність і можливість підключення візуальних елементів до інформаційних ресурсів в інтернеті.
VS V, використовує ці технології, надаючи новий інтерфейс для об'єднання шкал в дисплеї сінтеніі. VS V зображує в три крос навігаційні панелі надає різні шкали вирівнювання.
Combo і Genome партнер надають рішення у візуалізації сінтеніі шляхом підключення інтерактивних точок графіка з переглядами В«пов'язаних треківВ» збережених локально.
MizBee, що вийшов зовсім недавно надає інтерактивні перегляди, пліч-о-пліч, даних по всьому спектру шкал, надаючи підтримку вивченню всіх типів зв'язків.
Більшість коштів описаних вище слідують моделі вирівнювання одного або більше геномів, порівняння одного генома проти базового.
Цієї моделі характерно візуальне обмеження, яке полягає в тому, що зв'язки між організмами, які порівнюються, не можуть бути вивчені.
Одним із шляхів вирішення цього обмеження, прийняті в обох засобах порівняння Artemis і CMAP, дають уявлення користувачеві про стек геному, так, що довільний набір порівняння споріднених геномів можна уявити (хоча даний геном ще можна порівняти з більш ніж двома іншими). ​​
Ще одним недоліком В«Геномної посиланняВ» моделл...
