я завдання визначення просторової структури білка і зменшення числа необхідних обчислень були розроблені і успішно застосовувалися кілька витончених методів і підходів. p> Визначення просторової структури білка за його амінокислотної послідовності (лінійної структурі) успішно здійснювалося на основі аналізу наявної інформації про просторову структуру білків, володіють первинною структурою, схожою зі структурою досліджуваного білка. За основу бралися добре вивчені білки. Їх відома просторова структура, використовувалася в якості першого наближення до структури досліджуваного білка, а потім уточнювалася іншими методами.
Хороша якість передбачення просторової структури білкових молекул давав метод математичного моделювання. Цей метод грунтувався на аналізі всіх варіантів взаємодії окремих атомів між собою в процесі згортання відомої первинної структури білка в певних умовах. За основу брався постулат, що шукана просторова структура повинна володіти мінімумом вільної енергії. Даний метод вимагав застосування суперкомп'ютерів потужністю в одну тисячу Терафлоп і більше. На практиці використовувалися математичні моделі із заданим наближенням до істинної просторової структурі білковою молекул.
Оригінальним методом, що спрощує задачу зіставлення функціональних ланок В«білок - біохімічна реакціяВ», був метод моделювання взаємодії двох і більше згорнутих білкових молекул, на основі взаємодії їх виділених активних комплексів. Даний метод застосовувався в комп'ютерному моделюванні при вивченні взаємодії білкових молекул між собою, а також з різними хімічними сполуками. Виділення в кожній білкової молекулі активного комплексу, що приймає участь в хімічних реакціях, дозволяло при математичному моделюванні враховувати близько десяти відсотків від усієї кількості атомів даної білкової молекули, що в тисячі разів зменшувало обсяг необхідних обчислень і скорочувало час використання суперкомп'ютерів. p> У багатьох випадках сама природа допомагала вченим, підказуючи більш прості шляхи вирішення поставлених завдань. Найчастіше для зіставлення груп генів і кодованих ними білкових молекул, а також зіставлення білків і біохімічних реакцій, не було потрібно проводити складні дослідження і розрахунки з використанням генетичного і цитологічного матеріалу людини. Було потрібно просто звернутися до знань, отриманим при розшифровці геномів і вивченні білків мікроорганізмів, грибів, дріжджів і рослин. Враховуючи те, що всі форми життя на нашій планеті використовують єдиний генетичний і амінокислотний код, і той факт, що при всьому різноманітті своїх творінь Природа кращі еволюційні знахідки тиражує в багатьох видах організмів, багато що цікавлять вчених відповіді можна було отримати при вивченні найпростіших організмів. p> Як правило, геном найпростіших організмів містив меншу кількість генів, ніж геном людини. Кількість синтезованих білків і біохімічних реакцій, притаманних цим організмам також було менше, ніж у організмі людини, що ...
