Міністерство освіти Російської Федерації
Самарський Державний Університет
КАФЕДРА БІОХІМІЇ
Взаємодії білків з РНК -
структурний комп'ютерний аналіз
Курсова РОБОТА
СПЕЦІАЛЬНІСТЬ: 011600 "БІОЛОГІЯ"
СПЕЦІАЛІЗАЦІЯ : "БІОХІМІЯ"
Виконала студентка
4 курсу, 541 групи
Ревтович Світлана
Володимирівна
Підпис_____________
Науковий керівник
доктор біологічних
наук професор
Подковкін Володимир
Георгійович
Підпис_____________
Курсова робота захищена
на засіданні кафедри:
"____" ___________1999г
Оценка______________
Завідувач кафедри
кандидат біологічних
наук доцент
Фролов Юрій Павлович
Підпис_____________
Самара 2001
Зміст:
Введення. 3
1. Огляд літератури .. 4
1.1. Відмінності ДНК-білкових від РНК-білкових взаємодій. 4
1.2. Ранні уявлення про РНК-білкових взаємодіях. 6
1.2.1. РНК-зв'язуючі структурні мотиви в білках. 6
1.2.2. Взаємодії білків з тРНК .. 8
1.2.3. Взаємодії білків з матричними РНК .. 9
1.2.4. Взаємодії білків з рРНК .. 9
1.3. Сучасні методи дослідження РНК білкових взаємодій. 11
1.3.1. Біохімічні методи .. 11
1.3.2. Фізичні методи .. 14
2. Експериментальна частина. 16
2.1. Матеріали і методи дослідження. 16
2.1.1. Метод молекулярного заміщення. 16
2.1.2. Збір і обробка дифракційних даних. 23
2.1.3. Рішення проблеми фаз. 24
2.1.4. Побудова та уточнення моделі. 24
2.2. Результати та їх обговорення. 25
Висновки: 29
Список літератури .. 30
Введення
1. Огляд літератури
1.1. Відмінності ДНК-білкових від РНК-білкових взаємодій
Подвійна спіраль ДНК - це регулярна структура, в якій найбільш істотні відмінності між сусідніми ділянками укладені в послідовності пар основ. В обох желобках специфічний сайт ДНК для впізнавання білком може бути сформований мережею водневих зв'язків між основами нуклеотидів. Великий жолобок спіралі ДНК доступнішим для контакту, що створює можливість для дискримінації послідовностей в ньому [39]. Заснований на цьому припущенні механізм впізнавання В«прямим зчитуванням В»був підтверджений для багатьох ДНК-зв'язуючих білків. Також було відзначено потенційне значення і В«непрямого зчитуванняВ». Деякі послідовності ДНК можуть мати зміни в конформації цукрово-фосфатного остову або навіть бути деформовані в незвичайні структури. У такому випадку специфічність зв'язування може визначатися контактами білка з остовом ДНК [40]. Індуковані білком порушення структури ДНК досить звичайні і можуть варіювати за формою від невеликих вигинів, як у сайті нуклеази EcoRI, до великих вигинів і виведення підстав з стекінг, як в комплексі з ТАТА-зв'язує білком [24]. p> Механізм В«прямого зчитування В»припускає, що ДНК-білковими контактами, визначальними специфічність зв'язування, є водневі зв'язки з підставами і гідрофобні контакти з тимінових метил, в той час як енергія неспецифічного зв'язування забезпечується іонними і водневими зв'язками з цукрово-фосфатним остовом. У В«непрямому зчитуванніВ» можуть приймати участь і інші види взаємодій, наприклад, в комплексі з ТАТА-зв'язує білком ДНК контактує з гідрофобною білкової поверхнею і ароматичні амінокислоти інтеркаліруются в спіраль ДНК [24]. p> Молекули РНК відрізняються від ДНК кількома особливостями, які впливають на можливості білкового пізнавання. По-перше, в РНК ділянки Уотсон-Криковських спіралей часто перериваються випинаннями, внутрішніми петлями і шпильками. Дослідження часто зустрічаються, В«четирехнуклеотіднихВ» шпильок і консервативних внутрішніх і шпилькових петель Хвороби, методами ЯМР і рентгеноструктурного аналізу виявили специфічні нерегулярні структури, що містять неканонічні пари і випинання. Друге, спіралі РНК досить короткі, зазвичай менше повного обороту, і мають А-форму, відмінну від В-форми ДНК. А-форма спіралі має дуже глибокий і вузький великий жолобок, що створює стеричні труднощі для взаємодії з білками. Однак прилеглий до нерегулярним ділянкам великий жолобок може бути доступний для зв'язування [41].
Наслідком цих відмінностей...
