ПЛАН РОБОТИ
ВСТУП
фолдінг
СКЛАДНОСТІ МОДЕЛЮВАННЯ БІЛКІВ
МЕТОДИ МОДЕЛЮВАННЯ ПРОСТОРОВОЇ СТРУКТУРИ БІЛКА
ОБМЕЖЕННЯ зіставно МОДЕЛЮВАННЯ
ВИСНОВОК
ЛІТЕРАТУРА
ВСТУП
Білки - універсальні біополімери, з яких будується життя, - виконують весь спектр біологічних функцій: від структурної до каталітичної. Саме білки відіграють максимум ролей у живому світі, і важливість їх вивчення не обмежується тільки фундаментальною наукою: сьогодні і медицина, і промисловість - споживачі знань про функції та структуру білків. p align="justify"> Розуміння механізмів функціонування живих систем, а значить, і можливість впливати на них, наприклад, за допомогою лікарських засобів, вимагає знання структури білкових молекул і глибокого розуміння їх функцій. Відомо, що необхідна інформація укладена в лінійній послідовності амінокислот пептидного ланцюжка, і що ніякої додаткової генетичної інформації, більшої, ніж та, яка укладена в ДНК, не потрібно. Однак фізико-хімічні аспекти цього складного процесу, званого також фолдінг білка, залишаються досі понятими лише приблизно. p align="justify"> Крім науковців, структура білка цікавить і фахівців більш практичного профілю. Фармацевти і лікарі, наприклад, зацікавлені в виробництві та випуску на ринок нових поколінь лікарських засобів. Для цього потрібно добре розбиратися в молекулярних механізмах дії проектованого ліки, - спрямованого, швидше за все, на взаємодію з яким-небудь білком (рецептором або ферментом) в людському організмі. Проектування нових ліків з урахуванням атомарного будови молекул-мішеней, на які ці ліки буде діяти - наукомісткий і складний процес, званий драг-дизайном. p align="justify"> Розробка нових біотехнологічних ферментів крім знання структури білків і розуміння механізмів їх роботи, вимагає ще вміння проектувати нові функції в білках, раніше виконували якусь іншу роботу.
фолдінг
фолдінг - згортання білків (та інших біомакромолекул) з розгорнутої конформації в В«нативнуВ» форму - фізико-хімічний процес, в результаті якого білки у своєму природному середовищі (розчині, цитоплазмі або мембрані) набувають характерні тільки для них просторове укладання і функції. З термодинамічної точки зору самосворачіваніе білка є переходом білкової молекули в найбільш статистично вірогідну конформацію (що практично можна прирівняти до конформації з найменшою потенційною енергією). З кінетикою ж фолдінга пов'язують так званий парадокс Левинталя, згідно з яким, якби молекула белк ГЎ довжиною хоча б у 100 амінокислотних залишків В«перебиралаВ» всі можливі конформації, перш ніж згорнутися в нативну форму, цей процес вимагав би часу, що перевищує час існування Всесвіту. Однак з практики відомо, що максимальний час згортання обмежується хвилинами, типове час - п...
