ю для відображення сінтеніі, є те, що вісь х на Протягом усього вирівнювання, як правило, визначається положенням вздовж посилання геному, що робить можливим затемнення цікавих особливостей порівняння послідовностей. Два інструменту Phylo-Vista і SynPlot, здійснюють візуалізацію, збережену в положеннях які зображені по відношенню до довжини загального вирівнювання.
Ще однією проблемою в візуалізації сінтеніі є графічне представлення вставки і видалення, які є критичними для відстеження еволюції геному в хромосомах, споріднених генів і структурних шкал генів.
Хоча багато алгоритми вирівнювання здатні виявляти видалення, більшість зображень сінтеніі НЕ пропонують засоби для їх візуальної індикації, відображаючи тільки збережені відповідності між областямі.Насколько нам відомо, тільки GBrowse syn зображення дозволяє візуалізувати видалення.
Коли В«сітки лініїВ», включені в GBrowse syn, видалення представлено сіткою ліній з'єднують вставки областей на одному геномі єдиною точкою видалення на інших.
Багато успішні засоби візуалізації особливо ретельно враховували вимоги для спеціалізованих аналізів своїх користувачів і малоймовірно, що універсальний інструмент для аналізу генів залишиться підходящим або бажаним.
Існує, однак, крайня необхідність поліпшити інтеграцію між засобами і полегшує перехід від одного аналізу до іншого. Стрімкий прогрес в області технології секвенування продовжують деформацію існуючого програмного забезпечення та створюють проблему прогнозування майбутніх потреб.
Парадигма більш зрілих інструментів, як з точки зору обчислювальних методів, так і візуальних уявлень це боротьба за відповідність інформаційним вимогам.
Пізніші кошти вирішують деякі з основних питань, але вони часто програють у багатофункціональності заради задоволення невідкладних потреб, які полягають у швидкості і легкості розповсюдження.
Цілком імовірно, що широко поширена інтеграція між засобами, буде коли-небудь реалізована, і тоді ми придбаємо більшу стабільність в технології генерації даних і форматів стандартних файлів.
Ми виявили кілька широко використовуваних засобів для керівництва дослідниками охочими здійснювати геномної аналіз сьогодні.
Однак, враховуючи швидкість, з якою, це відносно молода область розвивається, дуже ймовірно, що нові програмні засоби з'являться, а переглянутий формат файлів буде вже запропонований в найближчому майбутньому. Як наслідок цього динамічного характеру, інноваційний потенціал у цій області великий.
перше, для задоволення майбутніх потреб аналізу, необхідна їх візуалізація. Необхідна для успішної інтеграції різних форм даних, таких як клінічна інформація в сукупності з даними геному.
друге, ці кошти вимагають візуального представлення на шкалах рівномірного порівняння тисячі і навіть мільйонів елементів.
Наприклад, заснований на треках екран використовує поточний геномної браузер, не зможуть забезпечити виведення на екран 1000генного проекту.
третє, досягнення в цієї області вимагають безперешкодного напрямки за відповідними рівнями резолюції, користуючись методом агрегування виявляти глобальні тенденції інтерактивних інтерфейсів для забезпечення доступу користувачам з більш низькими рівнями вимог.
І по - четверте, поліпшення інтеграції між автоматизованим розрахунком і візуалізацією необхідно досягти, щоб користувачі могли інтерактивно уточнювати і повторювати аналізи.
Такого роду інтеграція також дозволить більш широкому співтовариству біологів виконати геномної аналіз, а не обмежуватися тільки розрахунками програмістів.
