Водночас не можна стверджувати, що застосування гол. 40.1. КПК РФ можливе у всіх випадках, по всіх злочинах і стосовно всіх осіб.
Перше обмеження ми знаходимо в ч. 4 ст. 317.6. КПК РФ: «Положення цієї глави не застосовуються, якщо сприяння підозрюваного або обвинуваченого слідству полягала лише в повідомленні відомостей про його власну участь у злочинній діяльності». Формулювання «злочинна діяльність», використана у цій нормі, не припускає, що це має бути обов'язково те ж злочин. Водночас п. 1 ч. 2 цієї ж статті встановлює, що обвинувачений повинен був активно сприяти слідству в розкритті та розслідуванні злочину, викритті та кримінальному переслідуванні інших співучасників злочину. Таким чином, сумнівів не залишається: гол. 40.1 КПК РФ застосовується тільки у справах про злочини, вчинені кількома особами (у співучасті, групою осіб, групою осіб за попередньою змовою, організованою групою або злочинним співтовариством (злочинною організацією)).
Друге обмеження випливає з положень ст. 317.5. (П. 2 ч. 1), 3176 (п. 1 ч. 2) і 317.7. (П. 2 ч. 4) КПК України. Із зазначених норм випливає, що угода можлива лише по тих справах, в яких обвинувачений (підозрюваний) допоміг розшукати майно, здобуте в результаті злочину. Так, слідчими органами СКП РФ по Кемеровській області у вересні 2009 р. було вперше застосовано на практиці досудову угоду про співпрацю. У кримінальній справі, яку порушено за ознаками злочину, передбаченого ст. 126 КК РФ (викрадення людини), одним з обвинувачених заявлено клопотання про укладення досудової угоди про співпрацю зі стороною обвинувачення. Навряд чи в цьому випадку мова йшла про розшук майна. Видається, що і у вище перерахованих нормах формулювання слід змінити таким чином, щоб сприяння в розшуку майна не було обов'язковою умовою застосування даного порядку.
Третє обмеження «зашифровано» у ст. 62 КК РФ, яка була змінена цим же законом і повинна відповідати змінам, внесеним до КПК РФ. У цій статті містяться норми, що передбачають обов'язки держави за укладеною угодою. Так, у частині другій цієї статті сказано, що покарання, що не перевищує половини від максимально можливого, призначається в разі укладення досудової угоди про співпрацю, але лише за двох умов.
Стаття 317.8: «Якщо після призначення підсудному покарання відповідно до положень цієї глави буде виявлено, що він навмисне повідомив неправдиві відомості або умисне приховав від слідства небудь істотні відомості, то вирок подлежіт перегляду в порядку, встановленому розділом XV кримінально-процесуального кодексу ». По-перше, з буквального тлумачення цієї статті не випливає, що для звернення до розділу ХV КПК РФ «Перегляд вступили в законну силу вироків, постанов і ухвал суду» потрібно дочекатися вступу вироку в законну силу. По-друге, слово «виявлено», що використовується в даній статті, відкриває дуже широкі перспективи для його тлумачення: ким, коли, як факт виявлення повинен формально закріплюватися і т.п. І нарешті, по-третє, відсилання до розділу XV КПК РФ змушує задуматися про те, в якому ж саме порядку слід переглядати вироки в даній ситуації. Віднесення даного випадку до нових або нововиявленими обставинами неможливо, оскільки вичерпний перелік підстав для виробництва зважаючи нововиявлених обставин дан в ч. 3 ст. 413 КПК РФ, а під визначення нових обставин, що міститься в п. 2 ч. 2 ст. 413 КПК РФ, вказаний випадок не підходить. ...