я як квантово-механічна. У разі, якщо деякі з молекул лише частково виділені, необхідно переконається, що граничні атоми пов'язані з іншою частиною sp3-зв'язками. Переконатися в цьому, можна використовуючи параметр Extend to sp3 в меню Select, до того, як запускати напівемпіричний розрахунок. Ця опція поширить виділення розраховується області в усіх напрямках доти, поки виділена частина не досягне кінцевого атома молекули, або не знайде sp3-sp3 зв'язок. br/>
ПП HostDesigner
Метою авторів ПП HostDesigner була розробка алгоритму побудови програми, здатної ідентифікувати найкраще будова молекули-господаря для певного іона металу [22, 23]. У ПП HostDesigner є два алгоритму проведення розрахунків: LINKER і OVERLAY. p> Алгоритм LINKER
Алгоритм LINKER використовується для з'єднання трьох різних молекулярних фрагментів разом і робить попередній висновок, наскільки добре результуюча структура зв'яже визначений користувачем гість. Два певних користувачем фрагменту комплексу з'єднуються зв'язує фрагментом, молекулярної групою, взятої з файлу LIBRARY. Алгоритм LINKER може генерувати і оцінювати на настільному комп'ютері мільйон структур в хвилину і створювати файли, що містять опис і координати найбільш перспективних кандидатів. Цей процес є першим етапом дизайну нових молекул-господарів, за яким слід більш детальний аналіз відібраних структур іншими методами [24]. p> Молекула-господар складається з групи зв'язуючих ділянок. Таким чином, будь-яка полідентатних молекула-господар може бути розділена на два або більше структурних фрагмента, які ми позначимо як компоненти молекули-господаря. Наприклад, добре відомий макроцикл 18-краун-6 може бути розділений на два компоненти трігліма, три компоненти дігліма або 6 діметілефірних компонентів. Можливо визначити структуру фрагмента комплексу, іншими словами, частина комплексу гість-господар з'єднанням компонента господаря з гостем. При конструюванні фрагмента комплексу гість може бути розташований щодо компонента господаря з отриманням комплементарної геометрії, тобто такої геометрії, яка дає найбільше взаємодія між зв'язуючими ділянками компонента-господаря і гостем в дійсному комплексі.
Алгоритм LINKER грунтується на наступних припущеннях:
Існує оптимальна геометрія для взаємодії між кожним зв'язує ділянкою молекули-господаря і гостем.
Ця оптимальна геометрія незалежна від інших зв'язуючих ділянок, які можуть бути присутніми в молекулі-хазяїні.
Алгоритм LINKER будує нову структуру молекул-господарів з'єднанням двох фрагментів комплексу зв'язують фрагментами, які беруться з бібліотеки.
Хоча твердження, що відстань гість-господар із збільшенням координаційного числа збільшується, справедливо, краща орієнтація компонента молекули-господаря по відношенню до гостя залишається в основному незмінним. Оптимальні кути і двогранні кути можуть бути отримані в результаті ви...
