вчення експериментальної геометрії комплексів гість-господар або через обережне використання розрахунків електронної структури. З урахуванням заданого координаційного числа оптимальна відстань гість-господар може бути отримано такими ж методами. Таким чином, можливо визначити оптимальну геометрію для взаємодії гостя з будь-яким компонентом господаря. p> Відбір структур, побудованих з використанням алгоритму LINKER
Для відбору структур, отриманих з використанням алгоритму LINKER, використовуються два методи. Перший метод відбирає структури, враховуючи їх компліментарність, розраховану з використанням геометричних параметрів. Другий метод відбирає структури, враховуючи їх преорганізацію, засновану на розрахунку конформаційної енергії структури молекули-господаря. p> У ході конструювання кожного фрагмента комплексу гість розташовується відносно компонента молекули-господаря з урахуванням комплементарної геометрії зв'язуючих ділянок цього компонента. Коли два фрагменти комплексу з'єднуються, ступінь накладення двох атомів-гостей є простим критерієм для швидкого оцінювання ступеня комплементарності нової молекули-господаря. Оптимальна компліментарність виходить, коли середнє квадратичне відхилення (root mean squared deviation, RMSD) відстані між еквівалентними парами атомів двох гостей дорівнює нулю, іншими словами, коли два гостя, реалізуючи оптимальну орієнтацію зв'язків по відношенню до кожного компонента молекули-господаря, точно збігаються.
Алгоритм OVERLAY
Алгоритм OVERLAY реалізує інший підхід, ніж той, який був використаний в алгоритмі LINKER. Він формує молекулу-господаря шляхом об'єднання створеного користувачем фрагмента комплексу зв'язує фрагментом. Алгоритм будує нову структуру молекули-господаря в результаті формування двох зв'язків між одним фрагментом комплексу і одним зв'язує фрагментом. p> Оцінювання структур при використанні алгоритму OVERLAY
Для оцінювання структур, отриманих при використанні алгоритму OVERLAY, використовуються два методи. Перший метод ранжує структури, грунтуючись на тому, як добре зв'язує фрагмент підходить до фрагмента комплексу. Другий метод ранжує структури в термінах преорганізаціі, грунтуючись на розрахунку конформаційної енергії структури молекули-господаря. Ступінь відповідності вимірюється середнім квадратичним відхиленням неспівпадання, RMSD, чотирьох точок фрагмента комплексу з чотирма точками зв'язує фрагмента, де в кожному випадку чотири точки є кінцями зв'язують векторів. На додаток до ранжирування структур за допомогою RMSD, другий метод використовується для ранжирування структур допомогою преорганізаціі, заснованої на розрахунку відносної конформаційної вільної енергії молекули-господаря. Цей підхід ідентичний підходу, використовуваному в разі алгоритму LINKER. p> Сполуки РЗЕ з азот-і фосфорвмісними подандамі
На основі робіт [25, 26], присвячених дослідженню екстракції рідкоземельних елементів з різних...
