Реставратор поставив собі метою включити існували руїни стін у той храм, який повинен був з'явитися після реставрації, при цьому в нові стіни йому вдалося включити не тільки залишки стояли ще древніх стін, але всі ті конструктивні частини їх - арки, карнизи, і навіть окремі групи цегли, які були знайдені в землі іноді на значній глибині ». Щусєв отримав в 1910 році звання академіка за реставрацію цього храму.
З 1901 року він перебував на службі в канцелярії оберпрокурора Святійшого Синоду. Одним з перших самостійних замовлень було проектування іконостасу для Успенського собору Києво-Печерської лаври. Програмнимтвором Щусєва 1900-х років стала церква, спроектована на замовлення П.І. Харитоненко, цукрозаводчика, мецената і колекціонера, в маєтку під Харковом Наталівка трактована як храм-музей для зібраних ним давньоруських ікон. Щусєв створив тут одну з найвиразніших своїх будівель, скульптурний декор якої виконували С.Т. Коньонков і А. Т. Матвєєв, а мозаїчне панно над входом, мабуть, Н.К. Реріх, який співпрацював з ним же в реалізації проекту Троїцького собору Почаївської лаври під Києвом.
У Петербурзі в 1902 році він виконував світський замовлення від графа Ю.А. Олсуфьева - переробку і надбудову фамільного особняка на Фонтанці. Олсуфьев був головою комітету зі зведення храму-пам'ятника в пам'ять про Куликовську битву і замовив зодчому його проект. Щусєв створив натхненне твір у неорусскому версії стилю модерн. Храм Сергія Радонезького на Куликовому полі майже завершили до 1917 року. Відстоюючи свій нетривіальний задум - будівля з асиметричним головним фасадом, Щусєв ледь остаточно не поcсорілся з Олсуфьева, нетактовно вимагали зробити інший фасад, з однотипними за формою завершеннями веж, і зодчий, який затримав будівництво, все-таки зміг піти на небажаний для себе компроміс. Тільки в ході останньої реставрації храму-пам'ятника його ідея була реалізована (але у вельми грубому виконанні покриття). Ікони ж, написані спеціально для храму В.А. Комаровським, безслідно зникли.
Не менш значний проект А.В. Щусєв створив за замовленням представниці царської родини, великої княгині Єлизавети Федорівни, що походила з Дармштадта (тоді центру формування європейського модерну). Впливова замовниця підтримала архітектурну концепцію Щусєва та не заважала її реалізації. Це добре збережена дотепер московська Марфо-Маріїнська обитель з церквою Св. Марфи і Св. Марії в лікарняному корпусі (1909) і собором Покрова Богородиці, який став композиційним центром всього ансамблю (1908-1912). Храм з великою луковичной главою на високому барабані нагадує за формами давньоруські аналоги Новгорода і Пскова, але при цьому зовсім оригінальний, як і всі інші частини комплексу, включаючи ошатні ворота з прівратніцкой. Декоративні рельєфи тут виконував С.Т. Коньонков за малюнками Щусєва та Н.Я. Тамонькіна, співробітника його майстерні. Настінний живопис в соборі виконав близький друг Щусєва М.В. Нестеров, якому допомагав молодий П.Д. Корін.
Кожну свою споруду 1900-х - 1910-х років Щусєв розглядав як творчий маніфест. Він став лідером неорусского стилю (національної версії модерну). Для його впізнаваного авторського почерку характерні: вільна інтерпретація мотивів давньоруського зодчества, динаміка форм, часто асиметрично скомпонованих, великі, доведені до гротеску деталі декору. Менш виразними, ніж споруди в Росії, Щусєва були спроектовані і...
