6) і AE-7, 6 (доріжки 7,8).
В якості матриці в 2,4,6,8 використовувалася кДНК клітин лінії R1198,
, 3,5,7 - контрольні експерименти (без добавлен7ія матриці в РС).
При використанні ODN EGDP-1, 2 в якості пари праймерів ампліфікація практично не йде, має місце лише такий артефакт, як В«димери праймерівВ» (див. рис ...). Пари праймерів EGFP-3, 2 і EGFP-5, 6 порівнянні за ефективності ампліфікації. p align="justify"> Потім для кожної пари праймерів EGFP-3, 2 і EGFP-5, 6 підбирали оптимальну температуру відпалу і концентрацію хлориду магнію в реакційній суміші. Позначення реакційних сумішей відповідно до умов проведення ПЛР наведені в п. 2.11.2 цієї роботи. На рис. 21 наведена фотографія прокрашенного бромистим етидієм агарозного гелю після поділу в ньому продуктів ПЛР. p align="justify"> Найбільш інтенсивно флюоресцируют бенди на доріжках 44 для EGFP-3, 2 і на доріжках 36,37 для пари праймерів EGFP-5, 6, що відповідає оптимальним умовам проведення ПЛР з використанням даних пар праймерів.
Таблиця 9. Підбір оптимальної температури відпалу і концентрації катіонів манга в РС. p align="justify"> Пара праймеровДорожкаCMg2 +, мМТотжіга, Вє СEGFP-3, 244561EGFP-5, 6371,559,5383
Найбільш інтенсивно флюоресцирующий бенд для пари праймерів EGFP-3, 2 відповідає максимальній концентрації катіонів магнію в реакційній суміші і, як наслідок, великій кількості неспецифічних продуктів (В«шмерВ», див. рис ...). У той же час, порівнянні з цим бендом за інтенсивністю флюоресценції бенди доріжок 36 і 37, соответсвтующіе продуктам ПЛР з використанням пари праймерів EGFP-5, 6, характеризуються меншою кількістю неспецифічних продуктів. Умови реакції, в яких отримано продукт ПЛР, виявлений на доріжці 36, являю ться найбільш підходящими для виявлення EGFP в зразках. Цю пару праймерів надалі ми і використовували для подальшої оптимізації умов проведення ПЛР. p align="justify"> Далі були підібрані оптимальні концертраціі праймерів EGFP-5 і EGFP-6 і дезоксинуклеозидтрифосфатов у зазначених вище умовах: температура відпалу 59,5 Вє С, а концентрація катіонів магнію в реакційній суміші 1,5 мМ. Позначення реакційних сумішей відповідно до умов проведення ПЛР наведені в п. 2.11.3 цієї роботи. На рис. 22 наведена фотографія прокрашенного бромистим етидієм агарозного гелю після проведення в ньому поділу продуктів ПЛР.
При максимальній концентрації (1 мМ) dNTP спостерігалася велика кількість утворюються неспецифічних продуктів при майже повній відсутності основного. Інтерес представляють умови В«8В» (найбільш інтенсивно флюоресцирующий бенд) і В«4В» (другий за інтенсивністю), тобто:
Таблиця 9. Підбір оптимальної концентрації праймерів і dNTP в РС. p align="justify">...
