Никон провів у відокремленій келії, але вже через кілька років братія обрала його своїм ігуменом. У 1646 р. у справах обителі вирушив до Москви. Там настоятель зубожілого монастиря звернув на себе увагу царя Олексія Михайловича. За своїм характером Олексій Михайлович взагалі був схильний сторонньому впливу, а в свої сімнадцять років, царствуя менше року, він потребував духовному керівництві. Никон справив на молодого царя настільки сильне враження, що він зробив його архімандритом Новоспаського монастиря, родової усипальниці Романових. Тут кожну п'ятницю служили заутреню у присутності Олексія Михайловича, а після заутрені архімандрит вів довгі повчальні бесіди з государем. Никон був свідком "соляного бунту" в Москві і брав участь у Земському соборі, котрий прийняв Соборний Покладання. Його підпис стояв під цим склепінням законів, але згодом Никон називав Покладання "проклятою книгою", висловлюючи невдоволення обмеженнями привілеїв монастирів. p align="justify"> У березні 1649 Никон став митрополитом Новгородським і Великолуцького. Сталося це за наполяганням царя, і Никон був висвячений на митрополита ще при живому митрополиті Новгородському Авфоніі. Никон виявив себе енергійним владикою. За царським велінням він вершив суд по кримінальних справах на Софійському подвір'ї. У 1650 р. Новгород охопило народне хвилювання, влада в місті перейшла від воєводи до виборного уряду, засідав в земській хаті. Никон поіменно прокляв нових правителів, але новгородці не хотіли його слухати. Він сам писав про це: "Я вийшов і став їх умовляти, але вони мене вхопили з усяким непорядних, ослоп в груди вдарили і груди расшібла, з боків били кулаками і камінням, тримаючи їх у руках.". Коли хвилювання були придушені, Никон взяв діяльну участь у розшуку бунтівних новгородців. p align="justify"> Никон запропонував перенести в Успенський собор Кремля труну патріарха Гермогена з Чудова монастиря, труну патріарха Іова з Стариці і мощі Філіпа митрополита з Соловок. За мощами Філіпа Никон відправився лічно.С.М. Соловйов підкреслював, що це була далеко йде політична акція: "Торжество це мало не одне релігійне значення: Філіп загинув внаслідок зіткнення влади світської з церковною; він був скинутий царем Іваном за сміливі умовляння, умерщвлен опричником Малюта Скуратова. Бог прославив мученика святістю, але світська влада не принесла ще урочистого покаяння у гріху своєму, і цим покаянням не відмовилися від можливості повторити небудь подібний вчинок щодо влади церковної. Никон, користуючись релігійності і м'якість молодого царя, змусив світську владу принести це урочисте покаяння. "p align="justify"> Поки Никон був на Соловках, в Москві помер патріарх Йосип, славилася непомірним зажерливість. Цар писав у листі митрополиту, що йому довелося прийти переписати срібну скарбницю покійного - "а якби сам не ходив, то думаю, що і половини б не по чому знайти", втім, сам цар зізнавався: "Трохи і я не спокусився на інші судини, та милістю Божою утримався ...
