olfataricus може регулювати синтез праймера і передачі його в ДНК-полімеразні клітини архей.
8. одноланцюговим ДНК-зв'язуючий білок
одноланцюговим ДНК-зв'язуючий білок, який називається SSB у бактерій і архей і RPA у еукаріот, є важливим фактором для захисту розмотування одноцепочечной ДНК при нуклеазной атаці, хімічних модифікацій і інших порушень під час процесів реплікації і репарації ДНК . SSB і RPA мають структурно подібні домени, що містять загальні фрагменти, звані OB (олигонуклеотид / олігосахарид-зв'язуючі) фрагменти, хоча і мають мале схожість у своїх амінокислотних послідовностях.
Загальна структура дозволяє припустити, що механізм одноланцюжкові ДНК-зв'язування зберігається в живих організмах, незважаючи на відсутність подібності послідовностей. Білок SSB у E. coli є гомотетрамером від 20 кДа пептиду з одним ОВ-фрагментом і SSB від Deinococcus radiodurans і Thermus aquaticus, складається з гомодимеру пептиду, що містить два OB-фрагмента.
еукаріотичний RPA є стабільним гетеротрімером, що складається з 70, 32 і 14 кДа білка. RPA70 містить два тандемних повтору ОВ-фрагмента, які відповідають за основні взаємодії з одноцепочечной ДНК в її центральній області. N-кінцеві і С-кінцеві області RPA70 здійснюють взаємодію з RPA32, а також з багатьма клітинними або вірусними білками. RPA32 містить ОВ-фрагменти в центральній і С-кінцевий областях взаємодії з іншими субодиницями РПА і різними клітинними білками. RPA14 також містить ОВ-фрагменти.
Еукаріотичні RPA взаємодіють з SV40 Т-антигеном і ДНК-полімерази? - прімазного комплексу, і таким чином формують частина комплексу ініціації при реплікації. RPA також стимулює Pol? - Праймазная активність і PCNA-залежні Pol? активності. RPA від М. jannaschii і М. thermautotrophicus були зареєстровані в 1998 році, як перший одноланцюговий ДНК-зв'язуючий білок архей. Ці білки мають подібності їх амінокислотних послідовностей з еукаріотичної RPA70 і містять чотири або п'ять повторів ОВ-фрагмента і один цинк-направляючий фрагмент.
RPA в М.jannaschii існує у вигляді мономера в розчині і має однонитевой ДНК-зв'язуючий фрагмент. З іншого боку, RPA P. furiosus утворює комплекс, що складається з трьох окремих підрозділів, RPA41, RPA32 і RPA14, схожих на еукаріотичні RPA. У лабораторних умовах RPA в P. furiosus разюче стимулює RADA-розкручені обмінні реакції.
У той час як у евріархей маються гомологи еукаріотичного типу RPA, кренархейние білки SSB виявляються набагато більш пов'язаними з бактеріальними білками, з одного боку маючи OB-фрагмент і з іншого боку С-кінцевий хвіст. Однак кристалічна структура білка SSB з S. solfataricus показала, що ОВ-фрагменти домену більше схожі на еукаріотичні гомологи RPA, що підтримує тісний зв'язок між археями і еукаріотами.
RPA з Methanosarcina acetivorans демонструє унікальні властивості. На ві...
