ся кілька наукових товариств, які відіграли велику роль у розвитку вітчизняної науки: в 1804 р - Суспільство історії та старожитностей російських, в 1805 р - Суспільство змагання медичних та фізичних наук, Товариство випробувачів природи і т.д. Подальшому поліпшенню викладання, особливо на медичному факультеті, сприяло створення в 1805 р інститутів: клінічного, повивального, хірургічного. У тому ж році відкрився музей натуральної історії і був закладений ботанічний сад.
Зростанню авторитету університетів сприяв Указ 1809, підготовлений М. Сперанським, по якому провадження у 8-й чин Табелі про ранги (колезький асесор) стало можливо тільки для закінчили університет або здали екстерном іспит за його програмою.
Великий вплив на долі російських університетів справила Вітчизняна війна 1812 р Воно було неоднозначно і особливо позначилося на Московському університеті. Багато студентів і викладачі добровільно вступили в армію, а на медичному факультеті фактично всі професори і склали іспит студенти стали лікарями в російській армії, пройшли в її лавах від Москви до Парижа, значне число загинули або стали інвалідами, здобувши собі славу самовідданою працею на полях битв і в госпіталях.
У зв'язку зі вступом військ Наполеона до Москви університет був терміново евакуйований в Нижній Новгород. Оскільки все це робилося поспіхом, багато чого не вдалося відвезти. 4 вересня московський пожежа захопив будівлі університету, згоріло майже все, крім лікарняного флігеля і ректорського будинку. Професор Х. Штельцер, що залишався в Москві, описував у листі ректору І.А. Гейму неодноразові напади на університетські приміщення з метою грабежу як французьких солдатів, так і москвичів, козаків і навіть деяких університетських чиновників. Загинуло багато колекції, прилади, значна частина бібліотечного зібрання літератури і т. Д.
У Нижньому Новгороді університет не відкривався, і відразу після звільнення Москви професора, і студенти стали прагнути додому. Однак реевакуація університету зустріла серйозні труднощі, бо генерал-губернатор Растопчин вважав, що університет Москві не потрібен, так як він розсадник якобінства і масонства.
Повернення університетського колективу проходило поступово, і першим сигналом його відродження став вихід 23 листопада 1812 перший після звільнення Москви номера Московських відомостей. Довгі роки будівлі університету не відновлюється, і тільки в 1817 р під керівництвом відомого архітектора Д. Жилярді почалася реставрація, в основному, на пожертвувані кошти. У ході її були внесені зміни в архітектуру, наблизили будівлю до античних зразків. Університет отримав від тисяч людей в дар книги, прилади, інструменти, колекції, що допомогло його повного відродження. Новий навчальний рік у МУ урочисто відкрився 17 серпня 1813 в орендованому будинку купця Заїкіна, а для занять зняли ще кілька будівель. При вступі до університету кожен студент отримував табель латинською мовою, де перераховувалися предмети та імена професорів, і ректор сам відзначав у кожного, які треба було, на розсуд ректора, обов'язково слухати. Ранкові лекції починалися при свічках з 8 ранку, з 12 до 14 годин - обідня перерва, а потім заняття тривали ще 4:00.
Багато дослідників і сучасники відзначали, що після 1815 р ставлення Олександра I до утворення в цілому, і до університетам зокрема, серйозно змінилося. Особливо це проявилося в призначенні Голіцина Міністром народної освіти і об'єднанні в одному міністерстві питань освіти і духовних справ, у зв'язку з чим у всіх університетах відкривалися кафедри богослов'я, не передбачені Статутом. Взагалі, в останнє десятиліття царювання Олександра I почався справжній похід проти університетів, повністю ігнорувався статут 1804, як ліберальний і неприйнятний в умовах Росії. Так, ректор муа. А. Прохоновіч-Антонський писав в 1818 р про дуже поганому ставленні до професорам університету, які роками не отримували нових чинів, не могли дослужитися вище статського радника, робота в університеті не цінувалася, хоча він дав Батьківщині найбільше придатних людей.
У 1819 р Росія поповнилася новим університетом - Петербурзьким. Рішення про його відкриття було прийнято Олександром I ще в 1803 р, але потім МНП і піклувальник Петербурзького навчального округу М. М. Новосильцев на 15 років затримали його виконання. Замість університету в Петербурзі був відкритий педагогічний інститут, перетворений потім в Головний педагогічний інститут, який мав непоганий професорський склад і успішно готував кадри викладачів. Раптово в самому початку 1819 приступили до форсованому створенню університету, і вже 14 лютого відбулося його урочисте відкриття.
Значну роль у відкритті університету в С.-Петербурзі зіграв піклувальник округу С. С. Уваров, який розробив проект Статуту з 345 параграфів (на жаль, він не збер...
