о було придушене в 1537 році, але його учасники продовжували боротьбу за незалежність ще більше 35 років.
Очолив повстання проти іспанців інкський принц Манко, який використовував хитромудрі методи в боротьбі із завойовниками. Він спочатку перейшов на сторону іспанців і наблизився до Пісарро, але лише з метою вивчити противника. Почавши збирати сили з кінця 1535, Манко в квітні 1536 з великою армією підійшов до Куско і осадив його. Він змусив полонених іспанців служити йому в Як зброярів, артилеристів і Пороховщиков. Були використані іспанське вогнепальну зброю і захоплені коні. Сам Манко був одягнений і озброєний по-іспанськи, їздив верхи і бився іспанським зброєю. Повстанці часто досягали великих успіхів, поєднуючи прийоми самобутнього індіанського військової справи з європейським. Але підкуп і зраду змусили Манко після 10 місяців облоги Куско залишити це місто. Повстанці продовжили боротьбу в гірському районі Віль-Капампа, де вони зміцнилися. Після смерті Манко вождем повстанців стає Тупак Амару.
Опір все зростаючим силам завойовників виявилося марним, і повстанці в кінці решт були розбиті. На згадку про цю останню війну проти завойовників титул інки та ім'я Тупак Амару брали надалі вожді індіанців як символ відновлення їх незалежної держави.