Для нагляду за царицею Марією та іншими справами Годунов відправив у Углич своїх довірених людей: дяка Михайла Битяговского з сином Данилом і племінником Микитою Качаловим. Нові люди відразу увійшли в конфлікт з Нагими, що не могло не позначитися на подальших подіях.
травня 1591 опівдні паламар соборної Углицький церкви вдарив на сполох. Збіглися народ побачив у дворі цариці мертвого царевича з перерізаним горлом. Цариця звинувачувала в усьому, що трапилося людей, присланих Борисом. Народ вбив Бітяговскій, Микиту Качалова, сина Волохова, мамки царевича Дмитра. Було вбито ще кілька людей, підозрюваних у зв'язках з убивцями.
Після отримання звістки в Москві Борис відправив провести слідство князя Василя Івановича Шуйського і окольничого Андрія Клешніна, віддану людину Годунова. Шуйський належав до роду, ворожому Борису, але зараз був примушений діяти в його інтересах, оскільки розумів, що сам він змінити нічого не зможе.
Більшість показань говорило про те, що царевич зарізався сам в припадку падучої хвороби (епілепсії).
Упродовж тривалого часу кримський хан Казі-Гірей, постійно сповіщав московських правителів про своє намічати поході на Литву, раптом попрямував з величезною раттю на російську столицю, яку нікому було захищати, оскільки війська в більшості своїй перебували на півночі в очікуванні війни зі Швецією. Це дозволило хану незабаром опинитися біля стін столиці.
Борис Годунов не став приймати на себе головне командування військами, що захищали Москву, а доручив його князю Федору Мстиславскому. Вже 4 липня Казі-Гірей підійшов до села Коломенському, де російські загони розгромили його обоз. Почувши залпи гармат, вироблених за наказом Годунова, російські бранці оголосили хану, що в Москві стріляють від радості, оскільки підійшли війська з півночі і завтра вони спільно вдарять на кримців. Казі-Гірей негайно наказав своїм військам відходити. Мстиславській та Годунов стали переслідувати татар, наздогнали його відсталі війська поблизу Тули, але хана там вже не було. Казі-Гірей поскакав в Бахчисарай, лише з деякими кримцями діставшись до своєї столиці.
На згадку порятунку Москви був закладений Донський монастир, названий по імені ікони Донський Божої Матері, що знаходилася в російській війську при захисті Москви від кримчаків.
Честь перемоги була приписана Борису Годунову. Князь Мстиславській навіть отримав від царя догану за те, що у своєму донесенні не згадав ім'я Бориса. Про заслуги Годунова було поведено розповісти в іноземних землях, і йому самому був подарований титул «слуги», що давався за особливо важливі перемоги.
Вже сучасники бачили, що все, що розповідали про «подвиги» Годунова, є брехнею. У деяких прикордонних містах люди говорили, що Борис сам навів кримців на Москву, щоб відвернути народ від толков про вбивство Дмитра. Борис, дізнавшись про такі розмови, наказав розшукувати злостивців, зраджувати їх тортурам, але діяти так, ніби ініціатива страт виходила від вироку князя Федора Мстиславського «з товариші». Зате помилування винних здебільшого писалося як «завітав цар як просили Бориса Федоровича».
Уряд прагнув якомога краще забезпечити служивих людей землею з селянами. Але зробити це було не просто. З відкриттям Сибіру і з основою порубіжних міст на півдні...
