з Новосильцевим, гр. П.А. Толстим, кн. П.М. Волконським, кн. П.П. Долгоруковим і гр. К.А. злива, супроводжував імператора Олександра в травні 1802 в його поїздці до Мемель; він був обсипаний нагородами - король прусський подарував йому обидва вищі прусські ордена - Червоного орла і Чорного орла, але проте, Кочубей залишився незадоволений тим, що, за його спостереженнями, люб'язності всякого роду, які розточені були перед Імператором всієї прусської королівської прізвищем, не залишилися без впливу і що Імператор став ближче колишнього приймати до серця прусські інтереси.
Короткочасне управління Кочубея міністерством закордонних справ ознаменоване тільки одним скільки-небудь видатним подією - приєднанням Грузії, яке відбулося 11 жовтня 1801 Гр. Кочубей був проти цього приєднання, знаходячи, що вигоди воно принесе малі, а ускладнення може викликати значні. Втім, згодом, вже будучи міністром внутрішніх справ, він у своїх заходах щодо цієї знову приєднаної області керувався правилом, яке і висловлював прямо, що раз вже приєднання це відбулося - необхідно отримувати з нього всі можливі вигоди.
8 вересня 1802 оприлюднений був маніфест про заснування міністерств і Кочубей призначений був міністром внутрішніх справ. Йому довелося, таким чином, створювати нове міністерство, сформувати його. Найближчим співробітником його, і в сутності головним діячем в цьому відношенні, з'явився М.М. Сперанський. Трощинський, найближчим помічником якого по Раді був тоді Сперанський, дізнавшись про припущення призначити його в знову створюване міністерство, дуже клопотав, щоб Сперанський залишився при ньому або принаймні, зберіг би за собою і колишнє своє місце; але за особливим поданням Кочубея 8 ж вересня 1802 пішов указ - В«статс-секретарю Сперанському бути при міністерстві внутрішніх справ В».
При початковій організації міністерства в ньому (7 січня 1803) був заснований один лише департамент, директором якого і призначений Сперанський; потім, 18 липня 1803, заснована в міністерстві експедиція державного господарства, названа першою, і доручена т. з. Габлиць (Hablitzl); 31 грудня 1803 заснована третя експедиція В«державної медичної управи В», доручена Кампенгаузену; Сперанський, що залишався як і раніше душею міністерства, зберіг за собою безпосереднє управління другий експедицією - В«експедицією державного благоустроюВ». Надзвичайно цікаві дані про діяльність Кочубея як міністра внутрішніх справ укладає звіт його по міністерству за 1803 р., складений, за свідченням барона Корфа, Сперанським: у звіті цьому - першому за повний рік - висловлені загальні міркування, якими керувалися гр. Кочубей і його найближчий помічник, і намічені ті питання, які вони почитали стоять на найближчій черзі; журнали комітету міністрів, дійсно, свідчать, що протягом чотирьох років свого управління міністерством Кочубей майже не виходив за межі, намічені в першому його звіті.
За словами цього звіту, В«предмети міністерства внутрішніх справ взагалі належать до державного господарству і загальному благоустрою В»; міністерство вперше має об'єднати у своєму віданні багато предметів, які перш входили до кола ведення різних установ і не були пов'язані. Зібравши відомості про місця, які повинні тепер підлягати ведення міністерства внутрішніх справ, міністр розділив їх на три вищезгадані експедиції. Першою експедиції доручені були: турботи про землеробство, про різних галузях промисловості і опіка іноземних поселенців; другий - турботи взагалі В«про внутрішню тишіВ», яка визначена, як В«рівновагу і непохитність тих відносин, у яких різні класи держави та члени, їх складові, знаходяться між собою і в яких поставлені вони законом В»; нарешті третьої експедиції були передані всі справи колишньої медичної колегії.
Діяльність першої експедиції була спрямована насамперед на забезпечення імперії продовольством. У 1803 році були приватні недороди в губерніях Смоленської і північних; міністерство закупило в інших місцевостях хліба приблизно на 180000 крб. і встигло запобігти гостру нестачу в продовольстві і сильне підвищення цін. Слідом за тим звернено була увага на кращий устрій запасних хлібних магазинів, заклад яких наказано було ще в 80-х роках ХVIII ст., але які у величезній більшості випадків існували лише на папері. Вироблений був проект кращого нагляду за ними і складання протягом 48 років річного запасу, шляхом внеску щорічно по получетверіку з душі озимого хліба і по полугарнцу ярого; міра ета НЕ здійснилася в повному своєму розмірі, особливо завдяки тому, що в 1805 році знову був неврожай, ще більш сильний. Великі результати були досягнуті в турботах про забезпечення населення сіллю. Недолік солі - це був бич, з яким доводилося постійно боротися уряду протягом усього XVIII ст.; в 1802 році недолік цей знову проявився. Соляний промисел взагалі перебував у великому безладді. Завдяки неминучої необхідності розвозити сіль на величезні відстані, торгівля нею давно вже приносила ска...