ідпалу ( ANNELING ), проведену під внутрішніх координатах; уточнюйте параметри були торсіонні кути. При цьому використовувалися обмеження (типу "restraints") відповідно з операцією некрісталлографіческой симетрії. p> Потім були отримані дві карти електронної щільності:
1) карта, розрахована з використанням коефіцієнтів 2fo-fc, де fo - структурний фактор, отриманий експериментально на основі дифракційних даних, fc - структурний фактор, розрахований на основі моделі
2) composit - omit map - різницева 2fo-fc карта, де fc визначається як комбінована величина, розрахована по декількох моделях з виключенням 5% атомів на кожному кроці.
Отримані карти були хорошої якості, що дозволило вписати всі бічні залишки білка, уточнити положення головної ланцюги і молекули РНК. Для ручної правки використовувалася програма молекулярної графіки Про .
Остаточне уточнення включало уточнення параметрів довжин зв'язків і кутів за допомогою програми MINIMIZE ( CNS ), уточнення В-факторів для індивідуальних атомів, а так само перевірку стереохімії отриманої структури і відстаней між атомами (водневі зв'язки, Ван-дер-Вальсова взаємодії, В«поганіВ» відстані).
Остаточна модель, уточнена до значень R -фактора *** 8% і R free ***% при дозволі до 2,8 Е, включає * * амінокислотних залишків і ** нуклеотидів. Крім того були локалізовані *** молекул води, ** іонів іонів Mg +2 в незалежній частини елементарної осередки. Загальне число атомів моделі в незалежній частини елементарної комірки склало ****. Модель володіє хорошими стехиометрическими параметрами і не містить залишків, розташованих у заборонених областях карти Рамачандран. Частина остаточної 2F o -F c карти електронної щільності лише на рівні 1.5 s показана на рис. 20. Структура комплексу S15-16SрРНК схематично показана на рис. 21. Координати атомів остаточної моделі комплексу S15-16SрРНК занесені до RCSB Protein Data Bank (код ****). br/>
2.2. Результати та їх обговорення
У результаті зробленого була побудована модель структури комплексу S15-16SрРНК (S15 T3C мутант). p> Модель була уточнена до R -фактора 24,5% і R free 30,9% при дозволі до 2,9 Е, і включає 86 амінокислотних залишків і 57 нуклеотидів. Загальне число атомів моделі в незалежній частини елементарної комірки склало 1943. Модель володіє хорошими стехиометрическими параметрами і не містить залишків, розташованих у заборонених областях карти Рамачандран.
Таблиця 2.2.1. Статистика уточнення структури комплексу комплексу S15-16SрРНК (S15 T3C мутант)
В
Просторова група
Р6422
Параметри комірки (Е)
a = 128.228, b = 128.2286, c = 64.9505
Довжина хвилі (Е)
0,933
Дозвіл (Е)
500 - 2,9
Надмірність
5,9
Повнота набору (%)
98,0
Rsym (%)
3,1
Rcryst/Rfree (%)
24,5/30,9
Дозвіл (Е)
6,0 - 2,9
Число рефлексів
8209
Вср (Е)
44,8
R.m.s.d. зв'язків (Е)
0,006
R.m.s.d. кутів (В°)
1,2
Як видно з малюнка 2.2.1., білок S15 відноситься до сімейства a-спіральних білків і складається з чотирьох a-спіралей, взаємодіючих з 16SрРНК і стабілізуючих дану структуру. p> Частковий 16S рРНК з T . thermophilus (рис. 2.2.2.) довжиною 57 нт складається з укорочених спіралей Н20, Н21 і Н22. Спіраль Н22 стикується зі спіраллю Н21, утворюючи витягнуту структуру, а спіраль Н20 прилягає до неї під кутом приблизно в 60 В°. <В
ріс.2.2.1. Структура білка S15 (T3C мутант)
В
рис. 2.2.2. Структура фрагмента 16S рРНК
Білок S15 розпізнає на поверхні РНК два віддалених ділянки, одна з яких розташовується у верхній частині спіралі...
