ентів (легування). У результаті відомі фрагменти виявляються на обох кінцях невідомого ділянки, після чого можна проводити ПЛР як звичайно.
В· ПЛР зі зворотною транскрипцією (Reverse Transcription PCR, RT-PCR (англ.)) - використовується для ампліфікації, виділення або ідентифікації відомої послідовності з бібліотеки РНК. Перед звичайною ПЛР проводять на матриці мРНК синтез одноцепочечной молекули ДНК за допомогою ревертази і отримують одноланцюжкову кДНК, яка використовується в якості матриці для ПЛР. Цим методом часто визначають, де і коли експресуються дані гени.
В· Асиметрична ПЛР (англ. Asymmetric PCR ) - проводиться тоді, коли потрібно ампліфікувати переважно одну з ланцюгів вихідної ДНК. Використовується в деяких методиках секвенування і гібридизаційного аналізу. ПЛР проводиться як звичайно, за винятком того, що один з праймерів береться у великому надлишку.
В· Кількісна ПЛР (Quantitative PCR, Q-PCR (англ.)) - використовується для швидкого вимірювання кількості певної ДНК, кДНК або РНК в пробі.
В· Кількісна ПЛР у реальному часі (Quantitative real-time PCR) - у цьому методі використовують флуоресцентно мічені реагенти для точного вимірювання кількості продукту реакції у міру його накопичення.
В· Touchdown (Step-down) ПЛР (Touchdown PCR (англ.)) - за допомогою цього методу зменшують вплив неспецифічного зв'язування праймерів на утворення продукту. Перші цикли проводять при температурі вище температури відпалу, потім кожні декілька циклів температуру знижують. При певній температурі система пройде через смугу оптимальної специфічності праймерів до ДНК.
В· Метод молекулярних колоній (ПЛР в гелі, англ. Colony - PCR Colony ) - акріламідний гель полімеризують зі всіма компонентами ПЛР на поверхні і проводять ПЛР. У точках, що містять аналізовану ДНК, відбувається ампліфікація з утворенням молекулярних колоній.
В· ПЛР з швидкою ампліфікацією решт кДНК (англ. Rapid amplification of cDNA ends, RACE-PCR )
В· ПЛР довгих фрагментів (англ. Long-range PCR ) - модифікація ПЛР для ампліфікації протяжних ділянок ДНК (10 тисяч підстав і більше). Використовують дві полімерази, одна з яких - Taq-полімераза з високою процессівностью (тобто, здатна за один прохід синтезувати довгий ланцюг ДНК), а друга - ДНК полімераза з 3'-5 'екзонуклеазной активністю. Друга полімераза необхідна для того, щоб коригувати помилки, внесені першою.
В· RAPD PCR (англ. Random Amplification of Polymorphic DNA PCR , ПЛР з випадковою ампліфікацією поліморфної ДНК - використовується тоді, коли потрібно розрізнити близькі по генетичній послідовності організми, наприклад, різні сорти культурних рослин, породи собак або близькоспоріднені мікроорганізми. У цьому методі зазвичай використовують один праймер невеликого розміру (близько 10 П.Н .). Цей праймер буде частково комплементаріїв випадковим ділянкам ДНК досліджуваних організмів. Підбираючи умови (довжину праймера, його склад, температуру та ін), вдається домогтися задовільного відмінності картини ПЛР для двох організмів.
В· PCR з використанням гарячого старту (англ. Hot-start PCR - модифікація ПЛР з використанням парафіну для поділу верхній (яка містить буферний розчин, полімеразу, матрицю і, якщо необхідно, деіонізованої воду) і нижньої (яка містить деіонізованої воду, праймери і дезоксірібонуклеотіди) сумішей з метою недопущення раннього змішування компонентів реакції. До початку реакції ампліфікатор необхідно прогріти до температури плавлення парафіну (60-80 В° C).
Якщо нуклеотидних послідовність матриці відома частково або невідома зовсім, можна використовувати вироджені праймери , послідовність яких містить вироджені позиції, в яких можуть розташовуватися будь-які підстави. Наприклад, послідовність праймера може бути такою: ... ATH ..., де Н - А, Т або С.
ПЛР використовується в багатьох областях для проведення аналізів і в наукових експериментах [7].
Висновки
1. ГНУ СІБНІІЖ ...
