орядку мілісекунд, а найкоротший необхідний термін, зареєстрований для трехлістового ? - шару - всього 140 нс.
Рішення парадоксу Левинталя полягає в тому, що молекула ніколи не приймає переважної більшості теоретично можливих конформацій. Кооперативні ефекти фолдінга - одночасне формування В«зародківВ» вторинної структури, які є енергетично стабільними і вже не змінюються в процесі подальшого згортання - призводять до того, що молекула білка знаходить В«найкоротший шляхВ» на уявній гіперплощини потенційної енергії до точки, відповідної нативної конформації білка. Нативна конформація при цьому відокремлена помітним енергетичним проміжком (potential energy gap) від переважного числа несвернутих форм, а найближча її околиця визначає природну конформаційну рухливість молекули. p align="justify"> Обмеженість розуміння механізмів фолдінга пов'язана ще і з тим, що його складно спостерігати експериментально: це досить швидкий динамічний процес.
СКЛАДНОСТІ МОДЕЛЮВАННЯ БІЛКІВ
В даний час послідовності всіх білків конвертуються з прочитаних геномів безлічі організмів у анотовані бази даних, доступні через інтернет. Так, число послідовностей в базі Swiss-Prot <# "justify"> МЕТОДИ МОДЕЛЮВАННЯ ПРОСТОРОВОЇ СТРУКТУРИ БІЛКА
Розпізнавання фолда з використанням бібліотеки відомих фолдів
Розпізнавання фолда - це перша стадія для побудови моделі тривимірної структури білка. Застосовується, якщо відсутня інформація про близьких гомологах досліджуваного білка, просторова структура яких розшифрована раніше. При цьому вдається передбачити коректно укладку для ~ 75% білків. Точності побудованої на базі цього методу моделі недостатньо, щоб дослідити механізми функціонування макромолекули і, в кінцевому рахунку, створюваної молекулярної системи. p align="justify"> Передбачення архітектури білкової глобули на основі знань про атомні впливах (метод ab initio або de novo)
Цей термін означає, що в прогнозі не використовують в явному вигляді інформації про структуру інших білків. Всі обчислення, як правило, виробляються в емпіричних силових полях, що описують парні взаємодії в класичній системі частинок, що представляє молекулу білка. Самі ж ці силові поля в неявному вигляді включають дані про структуру молекул (не обов'язково білкових) - такі як парціальні заряди і масу атомів, а також довжини і кути валентних зв'язків, - і до квантово-механічних методів відношення не мають. p align="justify"> Найбільш В«фізично коректніВ» підходи з цієї групи полягають в основному в розрахунках МД для моделювання процесу і результату фолдінга, проте ці методи через їх величезної обчислювальної складності і неточності функцій потенційної енергії досягають успіху лише для деяких дуже невеликих білків. В інших же випадках - теж, що відносяться до маленьких білк...
