і PG_4_16.GRP - базисні набори, що складаються з 16 спектрів, використані для аналізу авторами методу "регуляризації" [4] (Provencher & Glockner), призначені для визначення вторинної структури по 3 і 4 структурним класам відповідно (дивись нижче);
- PG_3_20.GRP і PG_4_20.GRP - базисні набори, що містять ті ж самі 16 спектрів, що і в двох попередніх наборах, плюс 4 спектру денатурованих білків;
- HJ_16.GRP і HJ_22.GRP - базисні набори, що складаються з 16 і 22 спектрів відповідно, використані для аналізу авторами методу "Ортогональних спектрів" [7] (Henessey & Johnson), призначені для визначення вторинної структури по 5 структурним класам (дивись нижче).
У програмі передбачена можливість створення власних груп базисних спектрів. Для цього необхідно скористатися командою головного меню Group/Create, що дозволяє вибрати зі списку існуючих спектрів ті, які ви хочете включити в свій базисний набір. Аналогічним чином здійснюється редагування груп базисних спектрів (команда головного меню Group/Edit). Видалення групи базисних спектрів здійснюється за допомогою команди головного меню Group/Delete.
Вибір набору структурних типів . У програмі STRUCTURE зумовлені наступні 3 набору типів вторинної структури білка:
Provencher 3 (PG3.STR)
ALFA_hl (a-спіраль)
BETA_sh (b-структура)
Remain (інші типи)
Provencher 4 (PG4.STR)
ALFA_hl (a-спіраль)
BETA_sh (b-структура)
BETA_tn (b-поворот)
Remain (інші типи)
Johnson 5 (HJ.STR)
ALFA_hl (a-спіраль)
BETA_Ash (антипаралельна b-структура)
BETA_Psh (паралельна b-структура)
BETA_tn (b-поворот)
Other (інші типи)
Набір All structures (FULL.STR) містить додаткові типи вторинної структури білка, проте він ні з однією з зумовлених груп базисних спектрів не використовується.
Кожна група базисних спектрів відповідає одному з вище перерахованих наборів структурних типів. Це відповідність виглядає наступним чином:
PG_3_16.GRP і PG_3_20.GRP - Provencher 3;
PG_4_16.GRP і PG_4_20.GRP - Provencher 4;
HJ_16.GRP і HJ_22.GRP - Johnson 5. p> При виборі однієї з груп базисних спектрів необхідно вибрати відповідний набір типів вторинної структури білка. Вибір потрібного набору структурних типів здійснюється за допомогою команди головного меню Options/Structure types.
Запуск обчислень . Для початку обчислень необхідно скористатися командою головного меню Calculate. У що з'являється меню потрібно вибрати один із запропонованих методів обчислень. У з'являється після цього списку наявних білкових спектрів необхідно вибрати аналізований спектр. Якщо для розрахунків були обрані програми CONTIN, VARSELEC, PROVCD або DEF_CLASS, то необхідно також вибрати групу базисних спектрів, на якої будуть засновані обчислення. Після цього проводиться запуск обчислень. p> Якщо для розрахунків була обрана програма VARSELEC, то необхідно також встановити порядок виключення спектрів з вихідного базисного набору для процедури "вибору змінних" за допомогою команди головного меню Options/Var.select. Для цього необхідно вказати число спектрів, що виключаються на кожному кроці обчислень. Після його завдання автоматично обчислюється загальна кількість кроків, необхідних для перебору всіх можливих комбінацій. Якщо перебір всіх можливих комбінацій не потрібно, необхідно вказати номер початкової та кінцевої комбінації.
Час обчислень дорівнює в середньому 1-3 хвилинах, однак може складати значно більший інтервал для програми VARSELEC при завданні дуже великої кількості комбінацій базисних спектрів.
Результати обчислень можна переглянути за допомогою команди Calculate/Result.
2. Інфрачервоні спектри поглинання білків
2.1 Поглинання білків в ІК-області
Поглинання світла у видимому і ультрафіолетовому діапазонах обумовлено електронними переходами в молекулах поглинаючої речовини. Поглинання світла в інфрачервоному діапазоні має іншу природу. Воно пов'язане з переходами між коливальними рівнями лужного стану молекули. Смуги поглинання, що відповідають коливальним переходах, зазвичай лежать в діапазоні довжин хвиль від 2000 до 50000 нм або, як прийнято записувати для ІЧ-спектрів, в діапазоні хвильових чисел від 5000 до 200 см -1 .
Коливальні спектри підпорядковуються по суті тим же закономірностям, що й електронні. Однак для коливальних переходів характерна значно менша інтенсивність, ніж для електронних. Отже, при реєстрації ІЧ-спектру зразок повинен бути набагато більш концентрованим. Крім цього, багато смуги ІЧ-спектрів білків, у том...
