0.30
0.61
[7]
178-260
0.97
0.78
0.67
0.76
0.49
0.86
1.3 Робота з пакетом програм STRUCTURE з аналізу спектрів КД білків
Пакет програм STRUCTURE розроблений в інституті білка РАН (1991-1992 К.С. Василенко). Він призначений для аналізу спектрів кругового дихроїзму білків і визначення їх вторинної структури. Алгоритм аналізу спектрів заснований на методах, описаних вище. Пакет STRUCTURE складається з наступних програм і допоміжних файлів:
- STRUCTURE (файл structur.exe) - програма, що забезпечує інтерфейс для всіх програм пакета, дозволяє також створювати і редагувати файли даних в універсальному для всіх програм форматі.
- CONTIN (файл contin.exe) - Програма, яка визначає вторинну структуру білка методом "регуляризації" [4]. p> - PROVCD (файл provcd.exe) - Програма, що здійснює проведення статистичного тесту для програми CONTIN. p> - DEF_CLASS (файл def_clas.exe) - програма, яка визначає тип третинної структури білка.
- CDESTIMATE (файл cdestima.exe) - програма, яка визначає вторинну структуру білка методом "Еталонних спектрів" [3]. p> - VARSELEC (файл varselec.exe) - програма, яка визначає вторинну структуру білка методом "Ортогональних спектрів" з процедурою "вибору змінних" [7]. p> - RUN.BAT - командний файл, використовуваний для запуску програм пакета в умовах недостатнього об'єму оперативної пам'яті.
- *. DAT - файл, що містить спектр КД білка, а також дані про його вторинної структурі (якщо вони відомі).
- *. GRP - файл, що містить список базисних спектрів КД (що належать однією з базисних груп).
- *. STR - файл, що містить набір структурних типів (елементів вторинної структури білка).
Після запуску файлу structur.exe на екрані з'являється головне меню програми, що складається з наступних пунктів:
1. File - створення і редагування файлів даних;
2. Group - створення і редагування груп базисних спектрів КД білків;
3. Calculate - вибір методу аналізу, аналізованого спектру, групи базисних спектрів, запуск обчислень і перегляд результатів;
4. Options - вибір набору структурних типів;
5. Setup - зміна колірного оформлення вікон програми;
6. Quit - вихід з програми. p> У нижній частині екрану розташовуються три вікна, що містять інформацію про аналізованому спектрі КД (Protein), а також про обраних для аналізу групи базисних спектрів (Group) і наборі типів вторинної структури білка (Structures).
Створення та редагування файлів даних . Створення та редагування файлів даних здійснюється за допомогою команд меню File/Create і File/Edit відповідно. У файл необхідно внести наступну інформацію:
- Коментар довжиною не більше 45 символів (пункт меню Comment).
- Ідентифікатор довжиною не більше 7 символів, який стає ім'ям файлу і автоматично набуває расшіреніе.dat (пункт меню Identificator).
- Зміст в білку (Відносні частки) різних типів вторинної структури за даними рентгеноструктурного аналізу (пункт меню Structure data). Ці дані необхідні тільки у випадку використання введеного спектру надалі як базисного.
- Діапазон і крок за довжинах хвиль, а також сам спектр КД (пункт меню Spectrum). Для програми CDESTIMATE діапазон аналізованого спектру не повинен бути ширше, ніж 240 - 190 нм, а крок повинен бути дорівнює 1 нм або більше. Для програми CONTIN число точок в аналізованому спектрі не повинно перевищувати 51. Для програм CONTIN, VARSELEC і PROVCD діапазон аналізованого спектру не повинна бути ширше діапазону базисних спектрів, а крок повинен збігатися з кроком базисних спектрів.
Після введення всієї перерахованої вище інформації необхідно зберегти її за допомогою пункту меню Save. При необхідності можна побудувати введений спектр КД на екрані в графічному вигляді за допомогою пункту меню View.
Команди меню File/Load і File/Delete використовуються відповідно для додавання нових спектрів в список робочих спектрів, запам'ятовуються програмою, і для видалення з нього непотрібних спектрів. Для додавання нового спектру за допомогою команди Load необхідно вказати ім'я файлу, в якому він зберігається (попередньо його треба записати у поточний). При видаленні якого-небудь спектру зі списку за допомогою команди Delete відповідний йому файл не видаляється, тому його завжди можна буде включити назад до списку за допомогою команди Load.
Створення та редагування груп базисних спектрів . У програмі STRUCTURE вже існує 6 зумовлених груп базисних спектрів, що відповідають різним методам аналізу спектрів КД. Ці групи мають наступні імена:
- PG_3_16.GRP ...
