головні учасники повстання були перевезені до Москви для проведення генерального слідства. Їх помістили в будівлі Монетного двору у Иверских воріт Китай-міста. Керували допитами князь М. Н. Волконський і обер-секретар С. І. Шешковський. На допиті Є. І. Пугачов дав докладні свідчення про рідних, про свою юність, про участь у складі Донського козачого війська в Семирічній та Турецькою війнах, про свої поневіряння по Росії та Польщі, про свої плани і задуми, про хід повстання. Слідчі намагалися з'ясувати не були чи ініціаторами повстання агенти іноземних держав, або розкольники, або хто або з дворянства. Катерина II виявляла велику цікавість до ходу слідства. 5 грудня М. Н. Волконський і П. С. Потьомкін підписали ухвалу про припинення слідства, оскільки Пугачов та інші підслідні не могли додати нічого нового до своїх показань на допитах і не могли нічим ні полегшити, ні погіршити своєї провини. У донесенні Катерині вони змушені були визнати, що вони ... намагалися при сем виробленому слідстві вишукати початок підприємств зла сім нелюдом і його спільниками або ж ... до того злому підприємству наставниками. Але при всьому тому іншого нічого не відкрилося, якось, що в усьому його лиходійство перший початок своє взяло в Яицком війську
грудня о Тронному залі Кремлівського палацу зібралися судді у справі Є. І. Пугачова. Вони заслухали маніфест Катерини II про призначення суду, а потім було оголошено обвинувальний висновок у справі про Пугачова і його сподвижників. Князь А. А. Вяземський запропонував доставити на наступне засідання суду Пугачова. Рано вранці 31 грудня його під посиленим конвоєм перевезли з казематів Монетного двору в покої Кремлівського палацу. На початку засідання судді затвердили питання, на які був повинен відповісти Пугачов, після чого його ввели в зал засідань і змусили стати на коліна. Після формального опитування його вивели із залу, суд виніс рішення: Емелькой Пугачова четвертувати, голову увіткнути на кіл, частини тіла рознести по чотирьох частинах міста і покласти на колеса, а після на тих місцях спалити raquo ;. Решту підсудних розподілили по ступеню їх вини на кілька груп для винесення кожної відповідного виду страти чи покарання. У суботу, 10 січня 1775, на Болотній площі в Москві при величезному скупченні народу була здійснена кару. Пугачов тримався гідно, зійшовши на лобне місце перехрестився на собори Кремля, вклонився на чотири сторони зі словами Пробач, народ православний raquo ;. Засудженим до четвертувати Є. І. Пугачову і А. П. Перфильеву кат відрубав спочатку голову, таким було побажання імператриці У той же день повісили М. Г. Шигаєва, Т. І. Подурова і В. І. Торнова. І. Н. Зарубін-Чіка був відправлений для страти в Уфу, де і був четвертован на початку лютого 1775.
полонений Салават Юлаєв і його батька Юлая Азгаліна заслали на каторгу в балтійський порт Рогервік (Естонія). Іншого керівника виступу башкир Кинзо Арсланова, який втік за Волгу з Пугачовим, так і не знайшли, подальша його доля невідома.
Після проведення страт і покарань основних учасників повстання Катерина II, щодо викоренення будь-яких згадок подій, пов'язаних з Пугачевськ рухом і ставили її правління в гіршому світлі в Європі, в першу чергу видала укази про перейменування всіх місць, пов'язаних з цими подіями. Так станиця Зимовейской на Дону, де народився Пугачов, була перейменована в Потьомкінські, а сам будинок, де народився Пугачов, було велено спалити. Річка Яїк була перейменована в Урал, Яїцкоє військо - в Уральське козаче військо, Яїцьке містечко - в Уральськ, Верхньо-Яїцька пристань - в Верхнеуральськ. Ім'я Пугачова віддавалося в церквах анафемі поряд зі Стенькой Разіним, для опису подій можливе використання лише слів як відомий народний замішання .
У 1775 р послідувала губернська реформа, за якою здійснювалося розукрупнення губерній і їх стало 50 замість 20.
Була скоригована політика стосовно козачим військам, прискорюється процес їх трансформації у армійські підрозділи. Козачим офіцерам активніше передається дворянство з правом володіння своїми власними кріпаками, тим самим стверджуючи військову старшину як оплот уряду. Разом з тим по відношенню до Уральського війську робляться економічні послаблення.
Приблизно та ж політика проводиться по відношенню народностям регіону повстання. Указом від 22 лютого 1784 було закріплено одворянивание місцевої знаті. Татарські і башкирські князі та мурзи прирівнюються з прав і вольності до російському дворянству, включаючи і право володіння кріпаками, правда тільки мусульманського віросповідання. Але при цьому залишена спроба закріпачити неросійське населення краю, башкири, калмики і мишари були залишені на положенні військово-служилого населення. У 1798 р було введено кантоні управління в Башкирії, у новоутворених 24 областях-кантонах управління здійснювалося на військовий лад. Ка...
