З початком гонінь тисячі японських християн кинулися за межі країни. Хвиля еміграції була спрямована на південно-східну Азію: на Філіппіни, Яву, Тайвань. До 1635 в цьому регіоні проживало вже від 80 до 100 тисяч японських католиків. Незважаючи на жорстокий заборона, християнський вплив проникало до Японії і в період самоізоляції. Християнська література потрапляла до Японії в основному з Китаю. Там її переводили на китайську мову і нелегально доставляли на острови через дрібних китайських торговців, Перекладами займалися о. Матео Річчі в Пекіні і о. Жюль Альони в Фудзянь. Літератури було так багато, що в 1630 р. в Нагасакі було засновано спеціальне відомство, стежити за її вилученням та знищенням.
Після закриття країни Японія виявилася ізольованою від решти держав, і єдиним місцем, куди могли причалити іноземні кораблі, був порт в Нагасакі, де розташовувалася голландська факторія. Голландці не випадково так старанно допомагали сьогунського уряду позбутися від іспанських і португальських торговців (а разом з ними і від католицьких місіонерів). Відтепер Голландія була єдиною європейською країною, яка змогла зберегти і зміцнити торговельні та економічні відносини з Японією, проте для цього голландським купцям довелося піти на значні поступки бакуфу. Наприклад, коли голландський корабель входив в японські води, до нього на борт піднімалися кілька японських чиновників і перекладачів, спочатку перевіряли документи торговців, а потім брали з їх числа заручників, яких відвозили на штучний острів Дедзіма, побудований спеціально для іноземців та ізольований від решти міста . Робилося це для того, щоб забезпечити безпеку губернатора голландської факторії, що піднімався на борт тільки після того, як голландські торговці погоджувалися пройти через цю принизливу процедуру і видати кількох людей японській владі: «Тут кілька японських чиновників і перекладачів зійшли до нас на палубу, для прийняття наших паперів та кількох заручників. Вони сповістили нас, що чиновник вищого чину, який носить титул головного баніозі, і депутати факторії зараз прибудуть до нас. З часом відомої історії англійського корабля Федон ... в 1808 році, японський уряд вживає заходів і бере заручників і відвозить їх у Дедзіма, перш ніж увійдуть на корабель японський начальник і члени голландської факторії ». Перевіривши документи і переконавшись в тому, що всі присутні на кораблі є саме голландцями і мають офіційний дозвіл для в'їзду в країну, губернатор дозволяв їм причалити до Дедзіма і зійти на острів. Найближча територія навколо острова ретельно охоронялася, щоб убезпечити Нагасакі в разі нападу іноземних кораблів. Ось що говориться у Зибольда з цього приводу: «Численні батареї на островах і на березі затоки звернені на вхід в басейн; крім того, вхід ще захищений сильними батареями, поставленими по обидва боки, і значним гарнізоном з військ, званих імператорську сторожею. Прохід цей вузький ... і з 1808 японці постійно тримають там напоготові ланцюг, щоб можна було загородити вхід ».
Коли голландці висаджувалися на Дедзіма, у них відбирали зброю, священні книги і будь-яку християнську атрибутику, відвозячи всі ці речі на берег і повертаючи морякам лише перед самим від'їздом: «Між тим поспішно збирають у скрині Біблії, молитовники , гравюри і книги, словом, все, що може нагадувати про християнство; скриня замикають ключем і запечатують »; «Якщо ж дознавшись, що корабель законний, ...
