лютого 1847 імператор Микола I своєю резолюцією затвердив підставу Російської Духовної Місії в Єрусалимі. Першим начальником Духовної Місії був призначений сам архімандрит (згодом єпископ) Порфирій як людина, яка мала досвід перебування і служіння на Сході, а також як В«людина благодатній духовної широти, видатний візантініст і сходознавець, історик і археолог, книголюб і безсрібникВ». Разом з ним до Єрусалиму відправився ієромонах Феофан (Говоров), майбутній святий самітник Вишенський. Ієромонах, а в майбутньому святитель Феофан увійшов до складу Російської Духовної Місії тому що, він давно горів бажанням відвідати святі місця Палестини, особисто ознайомитися зі станом Православ'я на Сході, з життям особливих обранців Божих - пустинножітелей-аскетів, наблизитися до живої традиції святоотецької думки. Також їм рухала глибока відданість важливій справі - християнському вихованню. Більш сприятливого випадку для виконання цього бажання ієромонах Феофан навряд чи міг очікувати; тому він з радістю відгукнувся на заклик до співпраці з архімандритом Порфирієм. p align="justify"> Єрусалимський Патріархат виділив для розміщення начальника Місії і його супутника Архангельський монастир в Єрусалимі. Там вперше стали відбуватися богослужіння слов'янською мовою. У 1852 році на прохання Єрусалимського Патріарха Кирила він прийняв на себе обов'язки піклувальника православних народних училищ в Палестині і вищої Патріаршої школи для грецького духовенства при Хрещеному монастирі в Єрусалимі. Архімандрит Порфирій також клопотав про переведення на арабську мову та виданні духовної літератури, бачачи, що без діяльної участі Місії це починання залишилося б без уваги з боку Святогробського духовенства. В результаті, його працями при Єрусалимської Патріаршої кафедрі була відкрита арабська друкарня. p align="justify"> Батько Порфирій клопотав про поліпшення побуту російських паломників на Святій Землі, число яких у той час становило до 450 осіб на рік, і на його прохання Єрусалимська Патріархія виділила для їх розміщення в Єрусалимі Феодорівський і Катерининський монастирі.
Багато часу архімандрит Порфирій присвячував і вченим працям. За час свого начальствования в Місії він об'їздив весь Схід, а також Грецію та Італію. Схід завжди привертав його християнськими старожитностями. Під час свого перебування в Синайському монастирі він виявив рукопис грецької Біблії IV століття, яка зберегла найдавніший з повних текстів Євангелія і сьогодні відома під назвою В«Синайський кодексВ». Ще одна цінна Синайська знахідка архімандрита Порфирія - це кілька ікон VI-VIII століть, виконаних у техніці В«енкаустикаВ». Чотири з них, передані в дар батькові Порфирія, сьогодні зберігаються в Київському музеї східного і західного мистецтва. Цінні колекції стародавніх рукописів, зібраних архімандритом Порфирієм в подорожах, були подаровані Академії наук і Імператорської публічної бібліотеці. У своєму щоденнику отець Порфирій писав: В«Чим б...