пецифічно зв'язуються з PCNA-зв'язуючими білками, в тому числі ДНК-полімерази, ДНК-лігази і ендонуклеазою FEN - 1.
Детальні дослідження структури гетерологічного PCNA з S.solfataricus показали, що режими взаємодії між підрозділами зберігаються з гомотрімернимі PCNAs. Т. kodakarensis є єдиним видом евріархейних, який має два гени, що кодують гомологи PCNA в геномі. Були характеризувати два гени з генома T. kodakarensis , і високо очищених генних продуктів, PCNA1 і PCNA2.
У лабораторних умовах PCNA1 стимулював синтез ДНК реакції з двох ДНК-полімераз, Pol B і Pol D з T. Kodakarensis. Однак PCNA2 тільки вплинув на Pol B. Був виділений штам Т. kodakarensis з порушеннями в pcna2 , в той час як порушення гена для pcna1 домогтися не вдалося. Ці результати показали, що PCNA1 необхідна для реплікації ДНК, і PCNA2 може відігравати різну роль у клітинах Т.kodakarensis .
Чутливість? pcna2 -мутантного штаму до ультрафіолетового опромінення (УФ), метил-метансульфонат (MMS) і мітоміцину C (MMC) була неотличима для тих же організмів з штаму дикого типу. Обидві форми PCNA1 і PCNA2 мають стабільну структуру кільця і ??працюють в якості фактором процессівності в лабораторних умовах в Pol B в Т. kodakarensis. Кристалічні структури двох PCNA мають різні взаємодії на інтерфейсах субодиниця-субодиниця.
З іншого боку, архейний RFC складається з двох білків, RFCS (маленький) і RFCL (великий), у співвідношенні 4 до 1. Інша форма RFC, що складається з трьох субодиниць, RFCS1, RFCS2 і RFCL, у співвідношенні 3 до 1 до 1, також була визначена в M. acetivorans. Три субодиниці RFC можуть являти собою проміжний етап в еволюції більш складних RFC еукаріот від менш складних RFC архей.
Малюнок 6. Електронно-мікроскопічний аналіз П. furiosus ДНК-полімераза комплексу PCNA-ДНК P. furious.
Проведено аналіз і порівняння організації субодиниць та просторового розподілу субодиниць в RFC комплексі M. acetivorans з подібним ? - комплексом E. coli , який також пентамер, і складається з трьох різних білків. Ці дві структури затиску приймають аналогічні організації субодиниць і просторовий розподіл, але функції окремих субодиниць можуть бути різноманітними.
11. ДНК-лігази
ДНК-лігаза підключається до фрагментів Окадзакі при переривчастому синтезі ниток при реплікації ДНК, і, отже, універсально присутня у всіх живих організмах. Цей фермент каталізує утворення фосфодіефірних зв'язків за допомогою трьох кроків передачі нуклеотидів. На першому етапі, ДНК-лігази утворює ковалентний фермент-AMP проміжну зв'язок шляхом реакції з АТФ або НАД + в якості кофактора. На другому етапі, ДНК-лігаза визнає субстратную ДНК, а AMP потім передається від лігази до 5 «-фосфатному-кінця ДНК з утворенням ДНК-аденілатного проміжного з'єднанн...
