ів почала XVII століття, протестанти керувалися такими принципами, якими майбутніх місіонерів напучував Товариство поширення благовістя ще в 1701 році: «Не слід втручатися в урядові та цивільні справи, безпосередньо не пов'язані з цілями і завданнями місіонерів. Цікаво, що протестанти воліли співпрацювати не з католиками, а з представниками Російської православної місії в Японії.
У протестантів було декілька варіантів перекладу Євангелія на японську мову на момент початку своєї місіонерської діяльності в Японії. Самий ранній був здійснений трьома потерпілими аварію корабля поблизу Макао японцями під керівництвом доктора Карла Гуцлафа, членом Лондонського місіонерського товариства. У 1837 році в Сінгапурі у видавництві Американської асоціації іноземних місій вийшов у світ даний переклад Євангелія від Іоанна японської звуковий азбукою катакана, т.е.в тексті не було жодного ієрогліфа; крім цього, переклад містив в собі безліч помилок і неточностей, проте це вже була перша спроба протестантів перевести хоча б частину Святого Письма на японську мову.
У 1833 році в Китай з Америки приїхав доктор Самуель Уелльса Вільямс, видавець Американської Асоціації. У той час в'їзд американських судів в японські порти був ще під забороною, тому його спроба в 1837 році висадитися в Едо і Кагосімі обернулася невдачею. Проте, Вільямс підібрав потерпілих аварію корабля японських моряків, які допомогли йому вивчити японську мову і перевести Вихід і Євангеліє від Матвія.
Третій варіант перекладу Святого Письма був здійснений угорським протестантським священиком Б.Дж. Бетельгеймом, що відправився в 1846 році на острови Рюкю. Вже в Гонконзі він публікує переклад Євангелія від Луки на місцевий діалект японської азбукою катакана з паралельним китайським текстом Гуцлафа.
Протягом 1870-х здійснюється велике у перекладів Євангелія, а також переклад Старого і Нового Завіту спеціальною комісією, який був закінчений і виданий у 1886?? Оду.
Протестантські проповідники, так само, як і католики, відкривали школи та університети, влаштовували молодіжні організації в кожній парафії. Були створені японські відділення міжнародних юнацьких і жіночих християнських організацій. Починали діяти богословські семінарії і християнські дитячі сади. У 1874 році були засновані університет Аояма Гакуін і школа св. Павла, що згодом стала університетом Рикке. У 1874 році перший японський протестантський священик Ніідзіма Дзе повернувся з Америки в Кіото і заснував в цьому місті першу англійську мовну школу Досіся, яка згодом була перетворена в університет. А вже в другій половині XX століття, в 1953 році в Токіо був відкритий Міжнародний християнський університет.
Наприкінці XIX століття почалося об'єднання японських протестантських церков. У 1888 році під ім'ям Кафолической церкви Японії об'єдналися епіскопали Америки і протестанти Великобританії, а в 1891 році на токійській конференції американських, шотландських і південних пресвітеріан, а також голландських і німецьких реформістів була утворена Єдина Японська Християнська Церква.
Ієромонах Алексій Виноградов пише: «У протестантів різних віросповідань Англії, Європи та Америки, помічається ... надзвичайно гуманне ставлення до всякого роду релігійних, філософських, політичних, і іншим переконанням народів, хоча [вони] енергійно піклуються про ...
