ня Каїра взялося за зброю. Резиденція мамелюкского бея Османа Бадрісі був узятий штурмом, сам Осман втік. У Каїр повернувся османський Хуршид-паша, і Мохаммед Алі був призначений його заступником (каймакама). Після цього Мухаммед Алі виступив у похід проти мамлюків. Хуршид-паша і його яничари не змогли утримати владу над населенням Каїра, і в липні 1805 почалося нове повстання, в результаті якого Хуршид і його гвардія були вигнані. Негайно повернувся в Каїр Мухаммед Алі був проголошений пашею Єгипту. Султану не залишалося нічого іншого, як підтвердити цей вибір. Таким чином, в 1805 році, спираючись на антитурецьке рух Каїрського повстань з 1804 по 1805 рік, прийшов до влади і турецький султан затвердив його пашею (намісником) Єгипту. Але у нового паші залишалися ще старі вороги, колишні господарі египта - мамелюки. Албанське військо за підтримки місцевого населення, стратегічесіке таланти Мохаммеда Алі відтісняли мамелюков від Каїра. Але Великобританія в черговий раз вирішила направити історію на свій розсуд - вигнаному Мухаммеду Ельфі була надана допомога, і він відновив боротьбу з подвоєною силою. Тоді Мохаммед Алі відновив союз з Османом Бадрісі, Ельфі був розбитий і полонений. У Каїрі Мохаммед Алі розправився з обома мамелюками. втративши своїх вождів, мамелюки пішли в Верхній Єгипет. Втративши своїх ставлеників в Єгипті і сподіваючись на те, що народ і Мохаммед Алі знесилені війною, Британія вирішила ввести свої п'ятитисячний війська в Олександрію, а також 2 тисячі англійських десантників напали на місто Розетту, але атака була відбита. Тоді на Розетту виступило 4000 англійців, але їх зустрів сам Мохаммед Алі. Британці були розбиті, Мохаммед Алі підступив до Олександрії. Англійці уклали перемир'я і бігли геть.
Але мамлюки не змирилися, в 1809 і 1810 рр.. двічі піднімали повстання проти Мохаммеда Алі, і обидва рази були усміряеми ім. Уцілілі мамлюки бігли, багато з них оселилися в різних єгипетських містах, зайнялися заняттями мирного життя. Але Мохаммед Алі не хотів довіряти їм.
У 1811 році завершив скасування статусу мамелюков і став повновладним намісником у Єгипті, але цей васалітет султанату був лише формальним.
Мехмед-Алі заснував міцну владу в країні, доведеної до падіння моральному і фізичному відносинах; затвердив єдність там, де були анархія і міжусобиці. Клотен виправдовує засоби, що використовуються Мохаммедом Алі при досягненні цих цілей. Він пише: «Ніде до такої міри не може мета виправдовувати засоби, як у країнах варварських, де все схиляється перед деспотизмом, де саме ім'я прав народу невідомо. І той, хто ставить Мехмеду-Алі в провину минущі лиха, навлеченного, по найпростішому закону необхідності, виконанням припущень його, і притому лиха, складові прямий результат довготривалих страждань, від яких він прийняв на себе тяжкий труд звільнити Єгипет, - той, кажу , або позбавлений здорового глузду, або говорить проти почуття ». Про падіння вдач серед мусульманс Близького Сходу говорить і Буркхарт: «Хоча вони привітні, гостинні, веселі і горді, вони в той же час у всіх на виду порушують приписи Корану - п'ють, грають і курять. Обман і віроломство перестали вважатися злочином у жителів Мекки; відмінно знаючи, що їх пороки викликають плітки, всякий з них сам громить псування моралі, але ніхто не подає приклад до виправлення ».
Шейх Абд ар-Рахман Аль-Джабарті у своїй хроніці описує Мухаммеда...