ку () має бути вище - 0,05. p> 3. Відтворення аналізованого спектру на основі обраного набору базисних спектрів має бути краще, ніж при використанні повного їх набору.
4. Більш кращим є набір, що містить більше число базисних спектрів.
5. Більш переважними є ті білки, спектри яких ближче до аналізованого спектру.
На практиці в більшості випадків задовільних результатів вдається досягти при виключенні з вихідного набору всього трьох чи чотирьох білків, причому середньоквадратична помилка при відтворенні аналізованого спектру становить менше 0.2 одиниці De. Якщо кілька наборів базисних білків виявляються задовільними в однаковій мірі, то результати, отримані на їх основі, усереднюються.
На закінчення можна відзначити, що метод "вибору змінних" є потужним засобом аналізу спектрів КД білків в ситуаціях, коли інші распространеннние методи дають свідомо невірні результати.
Порівняння різних методів аналізу спектрів КД. Оскільки всі методи аналізу спектрів КД мають суто емпіричний характер, кожен з них потребує експериментальної перевірки на білках з відомими Рентгеноструктурні даними. Зазвичай подібна перевірка проводиться на білках, включених до базисний набір для даного методу. При цьому білки по черзі виключаються по одному з цього набору, а їх спектри аналізуються на основі спектрів залишилися білків. Після цього результати, отримані для кожного типу вторинної структури, порівнюються зі значеннями, отриманими при рентгеноструктурному аналізі, за допомогою підрахунку коефіцієнта кореляції між цими двома наборами даних, що визначається наступним виразом:
. (1.2.22) br/>
Тут і - експериментальний і розрахований набори даних, n - Число білків у базисному наборі. Значення коефіцієнта кореляції r лежать в діапазоні від - 1 до 1, причому значеія r, близькі до 1, свідчать про успішне пророкуванні, характеризующимся досить високою точністю. Значення r, близькі до 0 або - 1, говорять про випадковий збіг або повній невідповідності розрахованих і експериментальних даних.
Нижче наведені значення коефіцієнтів кореляції для чотирьох розглянутих методів: методу "еталонних спектрів" [2,3], методу "Регуляризації" [4], методу "ортогональних спектрів" [5,6] і методу "вибору змінних" [7]:
метод
діапазон,
коефіцієнт кореляції r
нм
a
b - ВЇ
b -
b - ВЇ + -
b-виг.
Ост.
[2,3]
190-240
0.85
-
-
0.25
-0.31
0.46
[4]
190-240
0.96
-
-
0.94
0.31
0.49
[5,6]
190-260
0.98
0.40
0.00
-0.27
0.18
0.24
[7]
190-260
0.95
0.57
0.47
0.45
0.54
0.69
[4]
178-260
0.96
0.23
0.39
0.12
0.51
0.64
[5,6]
178-260
0.98
0.55
0.63
0.54
...
