чує добре помітне світіння під флуоресцентної мікроскопії. p> Цей метод можна застосовувати, по-перше, для виявлення певної бактерії в мікробному співтоваристві з допомогою високоспецифічних зонда. По-друге, використання менш специфічних зондів дозволяє в першому наближенні ідентифікувати невідомі бактерії в співтоваристві, відносячи їх до певних філогенетичним групам. Таким способом до 90% загальної мікробної популяції в пробах озерної води може бути розподілено за двома основними доменам прокаріот. Інший приклад подібного використання рРНК-зондів - ідентифікацію бактерій в активному мулі - ілюструє рис. 3. p> За допомогою більш специфічних зондів можна визначати некультівіруемих форми прокаріотів, що мешкають, наприклад, в організмі найпростішого, до рівня роду. Якщо молекулярні зонди, специфічні для груп різних рівнів в межах даної таксономической системи прокаріот, пов'язувати з різними флуоресцентними барвниками, в одному препараті з природного зразка можна спостерігати розподіл мікробів за групами різних філогенетичних рівнів. br/>В
Рис. 3 - Визначення протеобактерий з группоспецифических нуклеотидним зондом до рРНК. А. Фазово-контрастна мікроскопія. Б. Той же препарат при флуоресцентної мікроскопії з УФ-епіосвещеніем
Цей метод дає надзвичайно ефектні результати при його поєднанні з конфокальної лазерної мікроскопією, дозволяючи одночасно візуалізувати групи бактерій різного систематичного рівня у вигляді тривимірної картини і виявляти, наприклад, їх просторові взаємозв'язки.
Застосування полімеразної ланцюгової реакції дозволяє копіювати навіть єдину молекулу 16S-рРНК (у вигляді ДНК) в екстрактах з природних зразків для порівняння нуклеотиднихпослідовностей цієї ДНК з ДНК відомих прокаріотів. Таким способом пропонується вивчати зв'язки філогенезу некультівіруемих бактерій з іншими прокаріотами. Ампліфікувати ДНК можна використовувати для створення зондів, специфічних до нуклеїнових кислот невідомих мікроорганізмів, і таким чином оцінювати різноманітність мікробного співтовариства, незалежно від здатності даних мікроорганізмів рости в культурі. Цей же метод може бути використаний для того, щоб простежити долю некультівіруемих організму при тих чи інших способах вивчення загальної популяції, наприклад в процесі отримання накопичувальної культури нового організму з невідомими потребами або при змінах в популяціях некультівіруемих бактерій, наприклад активного мулу, внаслідок стресових природних ситуацій.
Поряд з перспективністю методів молекулярних зондів для мікробної екології слід відзначити і їх обмеження. Ці методи дозволяють встановити присутність певного типу мікроорганізмів і його приналежність до тієї чи іншої гілки філогенетичної системи, створеної на основі аналізу послідовностей. Однак у більшості випадків вони не дають можливості визначити екологічну нішу (тип метаболізму) некультівіруемих організму, оскільки філогенетичні групи НЕ гомологични метаболічним групам, нав...
