ерлої біомаси вижили клітинами. Кількість СО2 вважають показником вихідного змісту кількості біомаси. В якості альтернативного показника визначають загальну дегідрогеназну активність клітин з відновлення ними солей тетразолия або диметилсульфоксиду. p> Більше специфічна щодо окремих таксонів інформація може бути отримана при аналізі специфічних клітинних компонентів. Так, специфічною таксономической характеристикою служить профіль клітинних жирних кислот. На жаль, для визначення метаболічних груп прокаріот цей параметр малопріменім, оскільки лише деякі з них, подібно сульфатредуктори, характеризуються специфічним складом жирних кислот. Слід враховувати також, що жирнокислотний склад мембранних ліпідів схильний до змін в залежності від умов середовища. Крім того, цей метод передбачає порівняння з чистими культурами досліджуваних бактерій, але культивовані мікроорганізми, як підкреслювалося вище, часто складають лише малу і не репрезентативну фракцію загальній популяції в даному зразку. p> Хімічним показником присутності грибів у складному мікробному співтоваристві служить ергостерол.
Для виявлення та ідентифікації певних типів бактерій в природних зразках застосовують флуоресцентні антитіла. Залежно від використаних для їх отримання антигенів антитіла можуть бути спрямовані проти клітинних компонентів, специфічних для окремого штаму, виду або роду, тому рівень специфічності, доступний в дослідженнях із застосуванням антитіл, значно варіює. Крім того, цей метод, як і метод визначення ліпідів, обмежений розпізнаванням культивованих бактерій, так як їх використовують при цьому для отримання антитіл. Слід враховувати також, що поверхневі властивості бактерій (утворення слизу, присутність адгезінов та інші характеристики) у природних умовах і лабораторних культурах можуть істотно різнитися. Таким чином, цей підхід придатний для певних, добре вивчених систем, але в цілому його застосовність дуже обмежена. З успіхом він використовується для ідентифікації метаногенів в анаеробному активному мулі. p> Нові можливості для вивчення мікробних спільнот відкриває застосування молекулярно-біологічних методів. Принцип обліку мікробів на основі аналізу рРНК полягає в тому, що синтезовані олігонуклеотидні рРНК-зонди для ділянок рРНК гибрідизуючою специфічно з певними ділянками рРНК клітин у досліджуваному зразку. Ці ділянки повинні бути попередньо, шляхом порівняння всіх наявних даних про послідовності рРНК, визначені як високо-або нізковаріабельние і як специфічні для будь-якого домену, типу, підтипу або таксона нижчого рангу в межах даної системи, в деяких випадках аж до видового рівня . До такого зонду, що складається приблизно з 18 або більшої кількості нуклеотидів, приєднують флуоресцентний барвник, і завдяки цьому за специфічною гібридизації зонда з рРНК клітина-мішень набуває флуоресцентну забарвлення. Живі клітини бактерій містять кілька тисяч копій молекул рРНК, тому зв'язування флуоресцентного зонда з клітинами-мішенями забезпе...
