командний файл, призначений для графічного відтворення ІЧ-спектру поглинання білка. Він організовує роботу наступних двох програм:
- PLOTFL (файл plotfl.exe) - Програма, що здійснює перетворення спектрів поглинання до формату, використовуваному програмою PLOTNIK;
- PLOTNIK (файл plotnik.exe) - програма, що здійснює графічне побудова ІЧ-спектру поглинання білка.
- SOURCE - файл, що містить вхідні дані для програми AMACIR (у тому числі сам ІЧ-спектр поглинання білка).
- OUT.SVD і OUT.CON - файли, що є результатом роботи програм SVDIR і CONTIR, що містять дані з оцінки вторинної структури білка відповідними методами.
Програми, що входять в пакет STRUC, що не мають системи екранного інтерфейсу, і робота з ними здійснюється з командного рядка. Перед початком роботи з пакетом необхідно створити текстовий файл SOURCE (рекомендується скопіювати вже наявний) і записати в нього вихідні дані по досліджуваного білку і його ІЧ-спектром поглинання, необхідні для роботи програм. Формат цього файлу наступний:
Номер рядка
Зміст
1
Ідентифікатор файлу (завдовжки не більше 70 символів)
2, 3
Формат запису числових значень спектру в рядках 6 - 14. Типово встановлюється формат (10F6.0) - по 10 значень в кожній рядку у формі дійсного числа з фіксованою десятковою крапкою, причому на запис усього числа відводиться 6 позицій, з яких 0 позицій - на десяткову частину. (Для дійсних чисел з плаваючою десятковою крапкою замість символу 'F' слід записати символ 'E'.) /Td>
5
Спектральний діапазон (по хвильовим числах), використовуваний для обчислень, і число точок у спектрі. Максимально допустимий спектральний діапазон становить 1800 - 1480 см -1 при числі точок у спектрі, рівному 81. При завданні діапазону і числа точок необхідно зберігати інтервал між точками рівним 4 см -1 .
6 - 14
ІЧ-спектр поглинання білка, виражений в одиницях л моль -1 В· см -1 .
17
Містить єдиний символ '*', положення якого визначає тип запису даних за амінокислотним складом білка: (а) NAmAc - Вказується абсолютна кількість залишків кожної амінокислоти в білку; (б) NAmAc/N - вказується абсолютна кількість залишків кожної амінокислоти в білку, поділене на загальну кількість амінокислотних залишків.
19 - 40
Амінокислотний склад білка. Тут же окремо вказуються N - і C-кінцеві групи білка. /Td>
42
Загальна кількість амінокислотних залишків у білку і значення pH, при якому знімався спектр. Вказувати значення pH потрібно обов'язково, а загальна кількість амінокислотних залишків - тільки в тому випадку, якщо при записі амінокислотного складу білка записувалися відносні частки амінокислотних залишків (варіант (Б)). /Td>
43
Коментар до файлу
Приклад заповнення файлу можна подивитися у вже наявному файлі SOURCE. p> Після підготовки файлу SOURCE необхідно запустити обчислення. Для цього в командному рядку слід ввести
STRUC SOURCE OUT.SVD OUT.CON і натиснути кнопку [Enter]. (Назви файлів SOURCE, OUT.SVD і OUT.CON можуть бути будь-якими, слід лише дотримуватися зазначений порядок пр їх запису.)
Після закінчення роботи програм результати обчислень моут бути переглянуті в файлах OUT.SVD і OUT.CON за допомогою будь-якого текстового редактора. Перша частина цих файлів містить інформацію про вхідних даних (взяту з файлу SOURCE). Далі слід набір рішень, відповідний різним комбінаціям ортогональних спектрів (у файлі OUT.SVD) або різним значенням параметра регуляризації (у файлі OUT.CON). Наприкінці файлів наводиться апроксимували спектр і остаточно вбрання рішення.
можете переглянути також проміжні результати обчислень програм. Файл PEPT, створюваний програмою AMACIR, містить ІЧ-спектр поглинання пептидного ланцюга. Цей файл є вхідним для програм SVDIR і CONTIR. Файл AMACIR.RES, також створюваний програмою AMACIR, містить дані про іонізації окремих амінокислотних залишків при заданому значенні pH, середньому значенні маси одного амінокислотного ланки даного білка, вмісті в білку азоту, а також три ІЧ-спектру поглинання: спектр білка (певний експериментально) і спектри бічних груп амінокислотних залишків і пептидного ланцюга (обчислені програмою AMACIR). p> Для того, щоб побудувати всі три спектра на екрані, необхідно запустити файл VISUAL.BAT. p>...
