ресня 1-го дня по вірі і обіцянці Томського монастиря обителі Олексія чоловіка Божого Будівельником Ісайї з братією на Киргизкая на старе місце церкви Пресвятої Богородиці Казанської, при Преосвященний Сімеоне, архієпископ Сибірському і Тобольському ".
Нове місце для закладки та будівництва монастиря було вибрано на Юрточной горі. Будівництво закінчилося в 1663 році. Звідси і виникла ця дата в "Короткому показанні про колишніх в Сибіру воєвод і пр.". p align="justify"> У монастирі була побудована церква в ім'я Преподобного Олексія чоловіка Божого з боковим вівтарем святих мучеників Флора і Лавра. В офіційних актах монастир став називатися Богородицької-Олексіївським. Але й ця церква 1755 р. згоріла і 1760 р. була побудована нова з трьома прибудовами. Однак і вона згоріла 1779 року. p align="justify"> Олексіївський монастир з дня свого заснування управлявся Будівельниками, Ігумнов та архімандрита.
До 1764 цих настоятелів перебувало 16 осіб. Один з них - архімандрит Іона (у 1698 р.) - був греком. p align="justify"> Число братії в монастирі ніколи не було великим. Ченці в Олексіївському монастирі перебували не тільки місцеві, а й з Росії, частиною що з'явилися з доброї волі, а частина - заслані сюди в покарання за проступки проти монастирських статутів. Особливо багато ченців посилалося до Сибіру за патріарха Никона. p align="justify"> В кінці 20-х - початку 30-х років 18 століття в Томському Олексіївському монастирі кілька місяців під строгою охороною в одній з чернечих келій містився світський діяч - арап Петра Великого Абрам Петрович Ганнібал.
У 1920-ті роки монастир був закритий. У 1925 році служба у монастирському храмі вже не відбувалася. Ченці перебували у Братському корпусі - кам'яний келіях, що навпроти храму, - вже приречені на смерть. Під страхом смерті їм було заборонено виходити з келій. Зрештою владою були закриті ворота монастиря. Монастир був оточений військами. Ченці на чолі з архімандритом - настоятелем обителі - були схоплені і страчені на горі Каштак. p align="justify"> У монастирській землі спочивали мощі старця Феодора Козьмич (пом. 20 січня. 1864 р.). У 1904 році над його могилою була побудована каплиця. Каплиця була знесена, а надгробок над могилою старця було сплюндровано. Було зруйновано і кладовище монастиря з прекрасними кам'яними надгробками. Були повалені глави і зневажений соборна монастирська церква на честь Казанської ікони Божої Матері - покровительки Росії. Знесені Святі ворота монастиря разом з чотирма кутовими вежами - каплицями, увінчаними кованими з міді ангелами. Стародавній монастир прийшов в запустіння. p align="justify"> Незважаючи на "мерзоту запустіння" до місця каплиці старця продовжували приходити православні християни Томська, очевидці чудесного явища старця в середині 1920-х років. Був встановлений навіть дерев'яний хрест на місці каплиці. Поголос про чудесне явлення старця распростран...
