у амурського і озерного осетра виявилася більш мінлива в порівнянні з Калугою. Основна частина мінливості припадає на варіабельні ділянки, консервативні ділянки володіли найбільшою мінливістю у A. fulvescens ніж у амурських видів, що також випливає і з табл. 2.
Альтернативним джерелом внутрішньогеномних поліморфізму рДНК може бути присутність псевдогенов послідовностей, які втрачають свої функції, і як наслідок мають знижені селективні обмеження і підвищену акумуляцію мутацій. Нещодавно можливість присутності псевдогенов 18S рРНК обговорювалося для північноамериканських видів роду Acipenser (Krieger, Fuerst, 2002 2004). У цьому зв'язку ми провели філогенетичний аналіз клонованих послідовностей 18S РДНК осетрових риб Амура з метою перевірки взаємовідносин між отриманими послідовностями.
Філіпченкове древо, побудоване за методом найближчого сусідства (Neighbour-joining - NJ) дифференцировало наявні послідовності на два кластери (рис. 7). У перший, компактний кластер, входили функціональні послідовності P. spathula і A. fulvescens (Af - 7 і Af - 13) і гомологічні їм послідовності далекосхідних видів. Другий кластер був більш гетерогенним і включав найбільш дівергірованние послідовності озерного осетра і осетрових риб Амура. Оскільки входять до першого кластер послідовності веслоноса і північноамериканських видів являють собою функціональні, або близькі до таких, копії гена 18S рРНК (Krieger, Fuerst, 2002), то що містяться в цьому кластері послідовності амурського осетра і калуги також можна віднести до функціональних генам. Послідовності другого кластера, очевидно, являють собою копії з обмеженими функціями і псевдогени, т.к. вхідні в нього клони A. fulvescens є приблизною псевдогенами (Krieger, Fuerst, 2002). Таким чином, ці дві групи послідовностей ми умовно назвали «генами» і «псевдогенами», відповідно.
Рис. 6. Графіки розподілу нуклеотидних замін у: A) A. fulvescens; B) A. schrenckii; C) H. dauricus. Консервативні ділянки позначені суцільною лінією, варіабельні - пунктирною. 1 - петля 530; 2 - спіраль 27 (конформаційний перемикач); 3 - P-сайт.
Загалом кількість мутацій у псевдогенов послідовностей виявилося в 2-4 рази більше, ніж у гаданих генів, причому останні не мали, на відміну від псевдогенов, вставок і делецій у функціонально-важливих областях молекули. Для псевдогенов правомірно очікувати більш високу мінливість порівняно з функціональним варіантом. Дійсно, рівень нуклеотидного різноманітності 18S РДНК псевдогенов в групі видів був в 2-10 разів вище, ніж у генів (табл. 4). Виявлені відмінності, що вимагають спеціального пояснення, знайшли відображення в характері розподілу нуклеотидного різноманітності генів і псевдогенов уздовж досліджуваного фрагмента рДНК (рис. 8). Розподіл нуклеотидного різноманітності у генів і псевдогенов уздовж досліджуваного гена разюче відрізняється, причому мінливість генів, як і слід очікувати для функціональних послідовностей, мінімальна на всьому аналізованому відрізку. Примітно, що в обох групах порівняння псевдогени зберегли щодо консервативним ділянку в області 1100-1200 нуклеотидів, що включає спіраль 27 (див. рис. 8).
Таблиця 4. Поліморфізм послідовностей передбачуваних генів і псевдогенов
Група сравненіяnShPi (SD) kГени2774230, 00406 (0,00145) 7,114 Псевдогени1252120, 01117 (0,00179) 19,621
