кації генома є цікавою темою у науково-дослідній галузі вивчення реплікації ДНК архей. Головне питання полягає в тому, як регулюється ініціація реплікації з декількох точок ініціації, і як протікає процес вилки реплікації після зіткнення двох вилок з протилежних напрямків.
Малюнок 2. Область ORIC в геномі Pyrococcus .
3. Як розпізнають Cdc6/Orc1 в ORIC?
Важливим кроком у характеристиці ініціації реплікації ДНК у архей - зрозуміти, як білок Cdc6/Orc1 визнає область ORIC . На основі розбору амінокислотної послідовності архейних Cdc6/Orc1 встановлено, що білки належать до AAA + родині білків. Були визначені кристалічна структура Cdc6/Orc1 білка з Pyrobaculum aerophilum і один з двох Cdc6/Orc1 білків, ORC2 з Aeropyrum Pernix (два гомолога в цьому організмі автори називають ORC1 і ORC2). Ці Cdc6/Orc1 білки складаються з трьох структурних доменів.
Домени I і II приймають складчасту структуру в сім'ї AAA + білків. Згорнута крилата спіраль (WH), яка показує число ДНК-зв'язуючих білків, знаходиться в області III. Чотири ORB розташовані попарно з обох сторін DUE в області ORIC у А. Pernix, і ORC1 зв'язується з кожним ORB у вигляді димеру. Був запропонований механізм, в якому ORC1 пов'язує всі чотири ORB, щоб ввести більш високий порядок збірки для розмотування DUE, із змінами як в топології, так і в суперспіральності. Крім того, встановлено, що кристалічна структура Cdc6-1 і Cdc6-3 у С. solfataricus (два з трьох Cdc6/Orc1 білків в цьому організмі) з утворенням гетеродимера пов'язана з ori2 ДНК (один з трьох витоків в цьому організмі), і була визначена область ORC1 у А. Pernix , пов'язана з послідовністю походження. Ці дослідження показали, що N-кінцевий AAA + АТФази домен (домен I + II) і С-кінцевий WH домену (домен III) сприяють процесу зв'язування ДНК і структурної інформації не тільки визначенням полярності ініціатором збірки на походження, а також вказують суттєві викривлення індукції , які, ймовірно, викликають розкручування ДНК-дуплексу, щоб почати процес реплікації в ДНК. Ці структурні дані також надають докладний режим взаємодії між білком ініціатора і ORIC в ДНК.
Мутаційний аналіз Methanothermobactor thermautotrophicus Cdc6-1 білка показав істотне взаємодія між залишком аргініну, який зберігається в архейних Cdc6/Orc1 і інваріантний гуанін в послідовності ORB. Область Cdc6/Orc1 в P. furiosus важко привести в розчинну форму. Певний сайт в ORIC, відповідний розкручуванню в лабораторних умовах, був визначений за допомогою білка, підготовленого до процедури денатурації-ренатурації.
Як показано на малюнку 2, область розкручування становить близько 670 пар основ від області переходу між ведучими і відстаючими синтезами, які були визначені раніше
