Але євангелічного запала францисканців, в подальшому, вистачило ненадовго.
З плином часу місіонери виробили певну систему і норми поведінки, що сприяли досягненню переслідуваних ними цілей. Так приїзд місіонерів в колонії перетворювався на велике свято. Для їхньої зустрічі насильно зганялося індіанське населення. Конкістадори виходили вітати місіонерів за міську межу, надаючи їм особливі знаки уваги і поваги. Місіонери як правило були бідно одягнені і ходили босоніж, а конкістадори схиляли перед ними коліна, надавали краще житло. Надаючи особливі знаки уваги і поваги місіонерам, конкістадори вимагали, щоб з ще більшою повагою ставилися до них індіанці. Останніх змушували при зустрічі з ченцем знімати головний убір, ставати на коліна, цілувати руку і просити благословення. Так само важливе місце в діяльності місіонерів займало знищення язичницьких «ідолів», як вони називали скульптурні зображення індіанських божеств, а також спалення індіанських рукописів, руйнування храмів і будь-яких інших предметів культу. Єпископ Мексики і за сумісництвом інквізитор домініканець Хуан де Сумаррага повідомляв в 1531 р., що в його єпархії іспанцями було знищено 500 індіанських храмів і 20 тис. «ідолів». Як правило, такого роду операції готувалися заздалегідь. У певне місце збирали «ідолів» та інші предмети культу. Туди ж зганяли індіанське населення. Місіонери, одягнені в священицькі одягу, з великими хрестами в руках з'являлися у супроводі іспанської влади і солдатів. Після урочистого богослужіння і відповідної проповіді іспанці, керовані місіонерами, приймалися знищувати «ідолів», руйнувати храми. Ці операції повинні були довести індіанцям безсилля їх божеств і могутність християнського бога. Обставлене по-театральному масове знищення предметів місцевих культів виробляло, по всій ймовірності, шокове враження на багатьох індіанців, викликало у них почуття забобонного страху перед заокеанськими прибульцями, що спочатку полегшувало роботу місіонерів.
Налякані такого роду видовищами, перебуваючи під загрозою фізичної розправи, індіанці покірливо приймали хрещення. Багато місіонери розцінювали такий легкий перехід місцевого населення в нову віру як велику перемогу. Але більш далекоглядні з них, наприклад Бартоломе де Лас Касас і єзуїт Хосе Акоста, вважали, що руйнування індіанських храмів та інших предметів культу породжувало у аборигенів поряд зі страхом почуття неприязні і навіть ненависті стосовно іспанцям. Згодом корона розпорядилася, щоб руйнування храмів і «ідолів» вироблялися без участі індіанців.
Хрещення носило по суті чисто формальний характер. Місіонери починали свою діяльність, не знаючи місцевих мов, і навіть якщо перекладачі могли перевести місіонерські роз'яснення католицьких догм, то індіанці були не в змозі їх зрозуміти, настільки абстрактний характер вони носили. Сама проповідь християнства була вельми спрощеною. Місіонери пояснювали християнське вчення найпростішими фразами, які повторювали безліч разів (до одуріння!), Поки індіанці не вивчали, чи не зазубрювали їх напам'ять. При цьому рекомендувалося говорити з індіанцями голосно, кричати на них, лякати за непослух різними покараннями на тому світі, розписуючи в реалістичних подробицях борошна, які очікують норовливих в пеклі, і райські кущі, які стануть долею покірних і старанних. Місіонери пояснювали вірування індійців підступами диявола, погрожували їм карами небесними за ідолопокло...
