ам (не більше 150 амінокислотних залишків), - вдаються до додаткових наближенням з метою зменшити обчислювальну складність розрахунку. p align="justify"> Для збільшення обчислювальної ефективності, в de novo підходах часто використовуються спрощені моделі подання білка - окремі амінокислотні залишки, присутні в моделі, представлені не так детально, як у полноатомних підходах: вся бічна ланцюг моделюється лише одним-двома центрами (В«псевдоатомаміВ»). De novo фолдінг проводиться в спеціальному силовому полі, оцінюючи величезна кількість варіантів укладання звернутій молекули за значенням потенційної енергії. Ідентифікація конформації, значно більш В«низькоїВ» по потенційної енергії, ніж інші, може служити ознакою кінця пошуку - аналогічно тому, як нативна конформація з деяким відривом відстоїть від несвернутих проміжних станів. p align="justify"> Щоб якось наблизитися до природного механізму згортання, дослідники намагаються виділити в послідовності модельованого білка структурно консервативні фрагменти (аналогічні тим, що в природі згортаються першими і надалі вже залишаються незмінними) і як би В«збирають мозаїку В»з цих фрагментів. Ця процедура дозволяє істотно скоротити час розрахунків. p> Одним з наукових колективів, що активно займаються передбаченням структури білків de novo, є вашингтонська лабораторія <# "justify"> 3.Моделірованіе по гомології
Багато білки мають типові мотиви просторової організації - тобто, належать до різних сімейств, утворюючи споріднені групи. Всі білки з відомою структурою поділяються на? 3500 структурних сімейств, що утворюють? 1000 типів просторової укладки (відповідно до класифікації SCOP - Structural Classification of Proteins <# "justify"> Схема моделювання по гомології:
В· Ідентифікація структурного шаблону - білка з відомою просторовою структурою, гомологичного моделируемому (ідентичність послідовностей> 30%). Пошук проводиться за допомогою серверів FASTA <# "justify"> Низька гомологія (<30% ідентичності) часто вже не може бути коректно ідентифікована за допомогою парного вирівнювання послідовностей через занадто великого числа накопичилися замін, В«маскуютьВ» послідовність білка, який , можливо, все ж зберіг певний структурний схожість з яким-небудь відомим білком-В«шаблономВ». У цьому випадку часто використовують методики пошуку за профілями послідовностей, в яких для В«запитуВ» до бази послідовностей використовується не одиночна послідовність, а профіль, сконструйований на основі множинного вирівнювання - своєрідна метапоследовательность, що кодує в собі еволюційну варіабельність даного білка. За допомогою цієї методики іноді вдається В«вирахуватиВ» придатний для моделювання структурний шаблон, незважаючи на те, що ідентичність послідовностей з ним становить лише 10-15%. Якщо ж ні з допомогою В«традиційнихВ» підходів пошуку гомологічних послідовностей, ні за допомогою профілів знайти структурний гомолог не вдається, єдиний спосіб отримати передбачення - це de novo методи. p alig...
