ове міністерство вперше звернуло увагу на розробку наукової системи фізичного виховання. У 1875 р. П.Ф. Лесгафт склав програму гімнастики, що застосовувалася в 2-й Петербурзькій гімназії. У ній вперше чітко було проведено облік вікових особливостей вихованців.
-ті - 1900-ті рр..- Час встановлення правильного поєднання фізичного виховання і фізичної підготовки. Розроблена в кінці 1880-х рр.. за участю А.Д. Бутовського і прийнята в 1890 р. «Загальна програма розподілу часу і повчання для ведення позакласних занять у кадетських корпусах» стала головним документом з фізичного виховання. Вона збільшила кількість часу, що відводиться на гімнастику і рухливі ігри з 2 обов'язкових годин на тиждень до 3,5-4,5, ввела нові засоби фізичного виховання, дала їм чітку регламентацію.
з 1905 р. почало відбуватися розвиток спортивного та змагального почав, як важливих засобів фізичного виховання і фізичної підготовки. 16 грудня 1909 в кадетських корпусах, військових і юнкерських училищах Микола II заснував призовий жетон за успіхи у фізичних вправах. З цього бере свій початок система централізованих спортивних змагань у військово-навчальних закладах.
Зміни у військових училищах були менш кардинальними і залежали від перетворень у військах. В основному вони розвивалися по лінії посилювання вимог до фізичної підготовки.
Найскладнішою система фізичної підготовки була в кавалерійських училищах, що відповідало вимогам підготовки кінноти. Так, в 1890-і рр.. для молодших і старших вікових разом на фізичні вправи відводилося в Костянтинівському артилерійському училищі 14 годин, в Михайлівському - 18,5, у Миколаївському кавалерійському - 19,5. Введення загальної військової повинності вплинуло на фізичне виховання в цивільній школі. Воно скоротило терміни військової служби і змусило ввести допризовну фізичну підготовку. Через інертність Міністерства освіти (МНП), відсутності у нього власних ідей, розвиток фізичного виховання взяло на себе військове відомство, що підкорило своїм цілям цивільні навчальні заклади. У своєму розвитку фізичне виховання в гімназіях і реальних училищах МНП пройшло три етапи:
-і рр..- 1889 р. - період становлення гімнастики,
- 1905 рр..- Час панування військової системи та стройової підготовки,
з 1905 р. - період рухливих ігор, змагального та спортивного начал. Якщо в кадетських корпусах і військових училищах вдалося створити єдину систему у викладанні відділів фізичного виховання і фізичної підготовки, вийти до початку XX століття на високий рівень, то в цивільних навчальних закладах, навіть у рамках МНП, панував різнобій в методах викладання, гімнастичних системах, кількості годин. Викладання гімнастики було незадовільним. У 54% навчальних закладів заняття проводилися по сокільської системі, в інших - по шведської, німецької, П.Ф. Лесгафта, військовим строєм. Погано було з приміщеннями і спортивним обладнанням. До 1913 р. тільки 22% середніх навчальних закладів мав гімнастичні зали.
Проблема забезпечення добре підготовленими кадрами була однією з найгостріших. Величезним недоліком була відсутність центрального навчального закладу, який готував фахівців для армії і навчальних закладів, що мало сенс в умовах існуючого підпорядкування цивільної школи та фізичного виховання військовим цілям.